* Blog


* Últimos mensajes


* Temas mas recientes

AGI por Cadavre Exquis
[Ayer a las 21:03:39]


PPCC: Pisitófilos Creditófagos. Primavera 2024 por asustadísimos
[Ayer a las 15:49:49]


XTE-Central 2024 : El opio del pueblo por saturno
[Ayer a las 00:58:14]


Coches electricos por puede ser
[Mayo 14, 2024, 18:53:46 pm]


A brave new world: La sociedad por venir por sudden and sharp
[Mayo 13, 2024, 20:50:47 pm]


Autor Tema: COVID-19  (Leído 646259 veces)

0 Usuarios y 11 Visitantes están viendo este tema.

Reburbujeando

  • Desorientado
  • *
  • Gracias
  • -Dadas: 159
  • -Recibidas: 284
  • Mensajes: 26
  • Nivel: 4
  • Reburbujeando Sin influencia
    • Ver Perfil
    • Analizando la nueva normalidad
Re:COVID-19
« Respuesta #1500 en: Agosto 31, 2020, 22:59:37 pm »
Citar
Es que ya han dejado de hablar de según qué temas.

¿Os acordáis de la famosa curva? Si si, aquella curva que había que aplanar. Nunca más se supo de ella.


Pues mira tú por dónde que en Cataluña  el aplanamiento de la curva enseñó la patita hace justo una semana! Lo han relacionado con la vuelta al cole. Para que ésta sea segura Torra pidió a los catalanes que nos pasáramos la última semana de agosto haciendo vida de monje .

https://www.elpuntavui.cat/societat/article/5-societat/1839074-torra-demana-un-esforc-mes-per-aplanar-la-corba-abans-de-tornar-a-l-escola-i-anuncia-mes-restriccions.html

Está en catalán pero el título se entiende. Por si acaso os traduzco:

Torra pide “un esfuerzo más” para aplanar la curva antes de volver al cole y anuncia más restricciones.

Ayer hubo la operación retorno más tranquila en décadas. Cero colas para entrar a Barcelona a las 8 de la tarde.
« última modificación: Agosto 31, 2020, 23:03:58 pm por Reburbujeando »

Lurker

  • Espabilao
  • **
  • Gracias
  • -Dadas: 1652
  • -Recibidas: 2296
  • Mensajes: 477
  • Nivel: 28
  • Lurker Con poca relevanciaLurker Con poca relevancia
  • Joe, you know he won
    • Ver Perfil
Re:COVID-19
« Respuesta #1501 en: Agosto 31, 2020, 23:02:24 pm »
Citar
Ayer, hablando con mi señora madre, que tiene 88 años y vive en su casa, aunque sola, me comentaba que desde siempre había considerado a las residencias "morideros", a los que no quería ir bajo ningún concepto, y mucho menos ahora.

Le dije que para mí lo peor del trato que recibieron en las residencias, fue su abandono, y que estaba lejos de ver como un drama que muchos ancianos murieran un poco antes de tiempo. Según ella, todo día adicional que vivía, era un día de más.

Mi madre es atea radical, por cierto.

Mi padre dice que si alguna vez intuye que pretendemos meterlo en un centro de tira del puente. Eso no va a pasar en mi casa, no teniendo yo brazos y piernas que funcionen. Un saludo para su madre.

---

Este perfil de Twitter al que he estado siguiendo durante meses ha hecho cálculos increíbles durante la epidemia en EEUU. Para mí ha sido un gran consuelo y una fuente de información desde la que poder hacer inter/extrapolaciones con respecto de España. Calculó la IFR para EEUU varias semanas antes que los CDC y lo clavó, entre otras cosas. Mirar los periódicos era como mirar una estrella lejana desde un telescopio, en diferido, mientras que con él se veía casi a tiempo real. Éstos son sus cálculos en cuanto a muertes por covid (genuinas)/muertes con covid (entre las que se encuentran quienes habrían muerto este mismo año)/muertes por el confinamiento:

https://twitter.com/EthicalSkeptic/status/1300184443479642112?s=19

"Put another way

Novel Covid Deaths                       45,223
Would Have Died Later in Year    118,773
Died Because we Panicked          47,415

This is why class & human rights litigation must be pursued. More people died from the lockdown, than did solely from Covid."

Yo solamente busco la verdad, no me malentiendan. No me alegro por la muerte de nadie, al contrario. Puedo teletrabajar y demás mierdas de la nueva normalidad, pero mucha gente no. No tengo muy claro que teletrabajar no vaya a traer asociado alguna sorpresa, imaginen tener que competir por salario a la baja con personas que viven en países con salarios mucho más bajos por su coste de vida, si la globalización digital va en esa dirección...

El dilema del tranvía sigue su curso...

Lurker

  • Espabilao
  • **
  • Gracias
  • -Dadas: 1652
  • -Recibidas: 2296
  • Mensajes: 477
  • Nivel: 28
  • Lurker Con poca relevanciaLurker Con poca relevancia
  • Joe, you know he won
    • Ver Perfil
Re:COVID-19
« Respuesta #1502 en: Agosto 31, 2020, 23:14:11 pm »

Citar
The final — and most controversial idea — is that genetic change is making the virus less virulent as it passes through human populations. “Viruses are prone to mutate as they move into a new host: human beings,” said Prof Openshaw. “Mutations could produce more or less severe variants but theory suggests that on the whole they are likely to be less severe.”

Ésto entra en abierta contradicción con el mensaje de nuestro ministro de pacotIlla, que se niega a considerar un descenso en la virulencia. Luego los demás es que somos conspiranoicos...

My two cents as brother in law: me llama un poco la atención que califiquen a esto como idea controversial, ya que mi suegra -que es médica y tiene cierta experiencia en epidemiología-, me dijo al principio de la epidemia que éste es precisamente el mecanismo mediante el cual las epidemias finalmente remiten (aunque no existan medicamentos): los virus, al circular por un organismo infectado van mutando gracias a la acción de los anticuerpos de su huésped. De modo que éste, al reinfectar a otra persona, lo hace con un virus levemente modificado por sus propios anticuerpos, que tienen patrones específicos de especie, de modo que ese virus ya no es tan agresivo con el huesped siguiente, y así sucesivamente.

De hecho, esto es justamente lo que se llama "inmunidad de rebaño", y que es lo que termina haciendo remitir la pandemia: a mayor circulación del virus progresivamente atenuado, los contagios serán sucesivamente mejor contrarrestados por los nuevos infectados, hasta que el virus pierde su capacidad destructiva.

Es por eso que un virus que convive con un tipo de animal sin afectarlo puede provocar una catástrofe al saltar de especie: porque los patrones inmunológicos tienen características distintas en las distintas especies, y las atenuaciones válidas para la inmunidad de rebaño de una, no necesariamente funcionan para otra.

En lo que se llama "secondary attack" la infección es más leve. Es decir, cuando un huésped nuevo se infecta, la tendencia es (en su inmensa mayoría) una afección menor a la anterior. Así hasta que llega a aproximadamente un 20% de la población general (cuantificable por anticuerpos?) y gracias a los mecanismos inmunológicos de la población sana, momento al cual algunos llaman "burnout". Si el virus no "encuentra" susceptibles/inmunodeprimidos por comorbilidades, tiende a su desaparición.

https://www.nytimes.com/2020/08/29/health/coronavirus-testing.html?referringSource=articleShare

"In 3 sets of testing data [...] compiled by officials in MA, NY & NV, up to 90% of people testing positive carried barely any virus."

Gracias por esta información.

Mistermaguf

  • Transicionista
  • ***
  • Gracias
  • -Dadas: 7025
  • -Recibidas: 7223
  • Mensajes: 525
  • Nivel: 264
  • Mistermaguf Sus opiniones inspiran a los demás.Mistermaguf Sus opiniones inspiran a los demás.Mistermaguf Sus opiniones inspiran a los demás.Mistermaguf Sus opiniones inspiran a los demás.Mistermaguf Sus opiniones inspiran a los demás.Mistermaguf Sus opiniones inspiran a los demás.Mistermaguf Sus opiniones inspiran a los demás.Mistermaguf Sus opiniones inspiran a los demás.Mistermaguf Sus opiniones inspiran a los demás.Mistermaguf Sus opiniones inspiran a los demás.Mistermaguf Sus opiniones inspiran a los demás.Mistermaguf Sus opiniones inspiran a los demás.
  • Irascible centurión de la travesía del desierto
    • Ver Perfil
Re:COVID-19
« Respuesta #1503 en: Agosto 31, 2020, 23:54:44 pm »
Más madera:

Citar
Your Coronavirus Test Is Positive. Maybe It Shouldn’t Be.

The usual diagnostic tests may simply be too sensitive and too slow to contain the spread of the virus.

Some of the nation’s leading public health experts are raising a new concern in the endless debate over coronavirus testing in the United States: The standard tests are diagnosing huge numbers of people who may be carrying relatively insignificant amounts of the virus.

Most of these people are not likely to be contagious, and identifying them may contribute to bottlenecks that prevent those who are contagious from being found in time. But researchers say the solution is not to test less, or to skip testing people without symptoms, as recently suggested by the Centers for Disease Control and Prevention.


https://www.nytimes.com/2020/08/29/health/coronavirus-testing.html

wanderer

  • Sabe de economía
  • *****
  • Gracias
  • -Dadas: 63682
  • -Recibidas: 46878
  • Mensajes: 6830
  • Nivel: 773
  • wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.
    • Ver Perfil
Re:COVID-19
« Respuesta #1504 en: Septiembre 01, 2020, 11:55:12 am »
Los holandeses, muy críticos con las mascarillas (y les va mucho mejor que a nosotros):

Citar
La guerra de las mascarillas también se libra en Holanda: de obligatorias a ¿inútiles?
El Gobierno holandés lleva meses negándose a obligar al uso de mascarillas, mientras los diferentes municipios denuncian que la gente no mantiene la distancia física

https://www.elconfidencial.com/mundo/europa/2020-08-31/paises-bajos-mascarillas-mark-rutte-obligatorias_2724891/

De todos modos, aquí ahora estamos "en segunda hola", que resulta ser prácticamente sólo de positivos, pero poco más.
"De lo que que no se puede hablar, es mejor callar" (L. Wittgenstein; Tractatus Logico-Philosophicus).

Lurker

  • Espabilao
  • **
  • Gracias
  • -Dadas: 1652
  • -Recibidas: 2296
  • Mensajes: 477
  • Nivel: 28
  • Lurker Con poca relevanciaLurker Con poca relevancia
  • Joe, you know he won
    • Ver Perfil
Re:COVID-19
« Respuesta #1505 en: Septiembre 01, 2020, 11:55:48 am »
https://www.abc.es/espana/comunidad-valenciana/abci-pedro-cavadas-reclama-auditoria-independiente-sobre-gestion-coronavirus-espana-202008311800_noticia.html

Pedro Cavadas reclama una auditoría independiente sobre la gestión del coronavirus en España

«No puede ser casual que en España seamos los primeros en la mortalidad provocada por el coronavirus y en la repercusión económica de la pandemia». El doctor Pedro Cavadas, que el pasado mes de enero, cuando el Covid-19 todavía no había llegado a nuestro país, alertó de los graves riesgos del coronavirus, ha reclamado la realización de una «auditoría» independiente sobre la gestión de la pandemia que, a su juicio, deberían realizar técnicos de los de verdad que no tengan ningún peaje político ni económico que pagar ya que eso prostituye completamente los resultados».

Pedro Cavadas avisó en enero de la peligrosidad del coronavirus y puso en duda los datos sobre el impacto de la pandemia que entonces reportaba China. El Gobierno desoyó las advertencias del cirujano y minimizó los riesgos del Covid-19 para la población española, mientras que medios de comunicación y médicos calificaron al doctor valenciano de «alarmista» y propagador de «bulos».

A la cabeza de la tasa de mortalidad por Covid-19

A día de hoy, el coronavirus ya ha provocado 845.000 muertes en todo el mundo y España es el cuarto país con mayor tasa de fallecidos por el Covid-19, solo por detrás de Perú, Bélgica y Reino Unido. De acuerdo con el último dato oficial ofrecido este lunes por el Ministerio de Sanidad, la pandemia ha causado 29.094 decesos en nuestro país.

Ahora, cuando se han cumplido las predicciones de Pedro Cavadas, el cirujano ha vuelto a pronunciarse en público sobre la pandemia con un tono crítico con la gestión llevada a cabo en España: «Es más nocivo el resultado del mal manejo de las medidas para combatirlo que el virus en sí mismo ya que es de baja mortalidad».

España, de hecho, está realizando la peor gestión de la pandemia en términos sanitarios y económicos de toda la OCDE. El pronóstico de Pedro Cavadas al respecto es claro: «No parece que vaya a acabar bien».

«La sanidad se paga con dinero y si destruyes el tejido económico, luego no tienes recursos sanitarios para combatir la enfermedad»

En unas declaraciones recogidas por el «Diario de León» tras una visita del doctor Cavadas al museo Fauna Salvaje de Valdehuesa, el galeno valenciano expone que «la repercusión económica que supone intentar controlar la expansión del virus genera un daño económico mucho más nocivo que el daño sanitario que provoca el virus».

Para argumentar la petición de una auditoría sobre la gestión de la pandemia, el doctor considera que se han tomado medidas tardías, descontroladas y descoordinadas que han dañado al tejido económico español. Al respecto, recalca que «la sanidad se paga con dinero y si destruyes el tejido económico, luego no tienes recursos sanitarios para combatir la enfermedad, por lo que en algún momento hay que priorizar uno de los dos».

En esa línea, el médico valenciano que pronosticó la peligrosidad del coronaviruscuando el Gobierno la negaba en boca del propio Fernando Simón y en España no se habían diagnosticado casos se muestra ahora pesimista y entiende que «la respuesta al virus es lo que ha provocado un empobrecimiento en España».

Pesimismo respecto a la vacuna del coronavirus

Pedro Cavadas, que ha roto su silencio público en León tras más de medio año desde sus vaticinios sobre el coronavirus, tampoco es mucho más optimista respecto a los plazos para la vacuna del Covid-19: «Primero se vacunará a la parte rica de la población mundial y hasta que se vacune a los 5.000 o 6.000 millones de personas en el mundo pasarán años».

A su juicio, esta situación provocará que «las partes pobres del mundo se vacunarán mucho más tarde y eso hará que la pandemia siga una evolución asimétrica en todo el mundo».

---

Pedro Cavadas, que no es un antivacunas o miembro de la alt-right precisamente, piensa que la peor gestión de toda la OCDE no puede ser casual.

https://twitter.com/sanchezcastejon/status/1300396147266252801?s=19

El señor Sánchez dando las buenas nuevas. Su discurso y la puesta en escena son self-explanatory.

Sds.
« última modificación: Septiembre 01, 2020, 11:57:32 am por Lurker »

lum

  • Ojiplático
  • *
  • Gracias
  • -Dadas: 1846
  • -Recibidas: 679
  • Mensajes: 50
  • Nivel: 47
  • lum A veces destacalum A veces destacalum A veces destacalum A veces destaca
    • Ver Perfil
Re:COVID-19
« Respuesta #1506 en: Septiembre 01, 2020, 12:04:13 pm »
En este artículo que se está comentando del NYTimes... Hay una idea central que a simple vista me parece tan simple como certera... y una propuesta al respecto de esa idea, que parte de una interpretación que me siembra muchas dudas. Si los que sabéis más del tema podéis aclarar lo que voy a comentar, se agradece :)

La idea es: el resultado que se está dando de los PCR es binario, nadie está registrando ningún tipo de medida que evalúe la carga viral del paciente. "Probablemente" (y si realmente es posible, que es lo que querría aclarar) habría que distinguir en el diagnóstico esta medida para clasificar los que tienen muy poca carga viral, y los que tienen más carga que determinado umbral (y que sí supondrían riesgo, incluidos aquí un subconjunto de los asintomáticos).

Ahora bien, la propuesta al respecto, es emplear como medida de la carga viral, el número de ciclos que fue necesario emplear en la PCR para descubrir el virus. De lo que vi en mi experiencia ya comentada, esto me chirría bastante. Comento dudas:
  • Hasta ahora he entendido que se detectan varios genes distintos, con ayuda de la termocicladora, y para cada uno de ellos puede ser necesario un número de ciclos distintos. Aquí a lo mejor me equivoco vaya.
  • Lo que sí me pareció claro es que hay más variables que influyen en el número de ciclos que son necesarios... Volvemos al tema de que hay fabricantes con reactivos y protocolos distintos para hacer este PCR, además cada laboratorio puede implementar este protocolo de formas algo distintas, usar máquinas distintas... Una forma de "testear" un protocolo + interpretación/implementación del mismo + reactivos concretos con medidas concretas + robots y herramientas concretas, era justamente comparar cuantos ciclos eran precisos para detectar estas secuencias genéticas, usando las mismas muestras. Esto es, distintos "métodos PCR" tendrán una sensibilidad distinta con la misma muestra.
  • Si estoy en lo cierto en el anterior punto, ¿entiendo que solamente sería válido comparar esta medida de número de ciclos, para resultados que fueron obtenidos usando todos los mismos elementos (protocolos, herramientas, reactivos) ?

No sé, a lo mejor estoy diciendo tonterías (probablemente), o a lo mejor no es una idea para nada válida lo de usar el número de ciclos como medida de carga viral.

Creo que hace unos días alguien (¿Lurker?) me preguntó si podía dar más detalles de los protocolos que se están utilizando para los PCR, y se me olvidó escribir... Debo tener enlaces por ahí, pero básicamente son los protocolos que están ofreciendo proveedores como ThermoFisher, Omega o Qiagen (*) y se pueden encontrar en sus webs. Si los microbiólogos se tienen que esforzar para estar seguros de que los interpretan e implementan correctamente, no pretenderé decir que los comprendo bien ni mucho menos.

(*) EDITO: por aclarar, lo que quise decir es que cada fabricante vende su "kit" de reactivos, y para ese kit hay un protocolo asociado para preparar el PCR, que es lo que comento que está en la documentación disponible públicamente. Cada protocolo tiene una serie de pasos con cantidades y tiempos precisos a emplear por cada muestra.
« última modificación: Septiembre 01, 2020, 13:01:41 pm por lum »

Danny_M

  • Novatillo
  • **
  • Gracias
  • -Dadas: 274
  • -Recibidas: 2016
  • Mensajes: 245
  • Nivel: 42
  • Danny_M A veces destacaDanny_M A veces destacaDanny_M A veces destacaDanny_M A veces destaca
    • Ver Perfil
Re:COVID-19
« Respuesta #1507 en: Septiembre 01, 2020, 13:41:09 pm »
En este artículo que se está comentando del NYTimes... Hay una idea central que a simple vista me parece tan simple como certera... y una propuesta al respecto de esa idea, que parte de una interpretación que me siembra muchas dudas. Si los que sabéis más del tema podéis aclarar lo que voy a comentar, se agradece :)

La idea es: el resultado que se está dando de los PCR es binario, nadie está registrando ningún tipo de medida que evalúe la carga viral del paciente. "Probablemente" (y si realmente es posible, que es lo que querría aclarar) habría que distinguir en el diagnóstico esta medida para clasificar los que tienen muy poca carga viral, y los que tienen más carga que determinado umbral (y que sí supondrían riesgo, incluidos aquí un subconjunto de los asintomáticos).

Ahora bien, la propuesta al respecto, es emplear como medida de la carga viral, el número de ciclos que fue necesario emplear en la PCR para descubrir el virus. De lo que vi en mi experiencia ya comentada, esto me chirría bastante. Comento dudas:
  • Hasta ahora he entendido que se detectan varios genes distintos, con ayuda de la termocicladora, y para cada uno de ellos puede ser necesario un número de ciclos distintos. Aquí a lo mejor me equivoco vaya.
  • Lo que sí me pareció claro es que hay más variables que influyen en el número de ciclos que son necesarios... Volvemos al tema de que hay fabricantes con reactivos y protocolos distintos para hacer este PCR, además cada laboratorio puede implementar este protocolo de formas algo distintas, usar máquinas distintas... Una forma de "testear" un protocolo + interpretación/implementación del mismo + reactivos concretos con medidas concretas + robots y herramientas concretas, era justamente comparar cuantos ciclos eran precisos para detectar estas secuencias genéticas, usando las mismas muestras. Esto es, distintos "métodos PCR" tendrán una sensibilidad distinta con la misma muestra.
  • Si estoy en lo cierto en el anterior punto, ¿entiendo que solamente sería válido comparar esta medida de número de ciclos, para resultados que fueron obtenidos usando todos los mismos elementos (protocolos, herramientas, reactivos) ?

No sé, a lo mejor estoy diciendo tonterías (probablemente), o a lo mejor no es una idea para nada válida lo de usar el número de ciclos como medida de carga viral.

Creo que hace unos días alguien (¿Lurker?) me preguntó si podía dar más detalles de los protocolos que se están utilizando para los PCR, y se me olvidó escribir... Debo tener enlaces por ahí, pero básicamente son los protocolos que están ofreciendo proveedores como ThermoFisher, Omega o Qiagen y se pueden encontrar en sus webs. Si los microbiólogos se tienen que esforzar para estar seguros de que los interpretan e implementan correctamente, no pretenderé decir que los comprendo bien ni mucho menos.

Buenas Lum,

creo que fui yo el que te pedía los detalles de los protocolos y los proveedores. Era para irme directamente a su documentación, a ver lo que averiguaba. Gracias por la info, los miraré a ver. Aunque te puedo confirmar que muchas veces las instrucciones de los kits son bastante opacas, cuesta entender el proceso que hay que seguir.

Sobre lo que comentas: lo de usar el número de ciclos como indicador de la carga viral me parece en general mala idea. Primero vamos a como entiendo que funciona el proceso:

- La PCR lo que hace es duplicar sucesivamente el gen que corresponde a los cebadores empleados. Cada ciclo se supone que duplica la cantidad de hebras de ADN. Para seguir la reacción y saber cuánto ADN lleva uno obtenido, en la mezcla de reactivos se ponen unas porciones de ADN que tienen "pegado" un marcador fluorescente y que también corresponden al gen que se busca. A medida que aparecen más copias del gen, esas porciones de ADN-marcador se van uniendo a las copias del gen recién creadas, y en la siguiente duplicación del gen la enzima polimerasa les "pasa por encima" liberando el marcador fluorescente. La gracia de esto es que la fluorescencia del marcador sólo está activa cuando está libre y no mientras estaba enlazado al ADN, así que si uno sigue la reacción con un fotómetro lo que ve es que la mezcla de reacción pasa de no mostrar nada de fluorescencia a mostrar fluorescencia incrementalmente.

- El parámetro que te dice si el test da positivo o no es la intensidad de esa fluorescencia. En los tests que he podido ver, hay unas tablas que te indican los valores umbral de fluorescencia a partir del cual uno considera que es + o no (la fluorescencia puede medirse a distintas longitudes de onda, puede ser que el test requiera superar el umbral en varias de ellas). Si uno quiere buscar varios genes, tiene que preparar varios tubos, y hacer la prueba para cada gen por separado (si lo hiciéramos todo en el mismo tubo estaríamos sumando todas las señales y no sabríamos cuál es de cada uno, a no ser que usáramos marcadores distintos que dieran distintos patrones de fluorescencia a distintas longitudes de onda, aunque esto me parece complicarse la vida y además diría que incrementa las posibilidades de reacciones cruzadas durante la PCR -- aunque no descartaría que algún test funcione así, es una de las cosas que no me quedan claras leyendo las instrucciones). Lo mismo se hace con los tubos de control, donde se añaden controles positivos y negativos que te confirman que la reacción se ha llevado a cabo bien, como la primera rayita de los tests de embarazo.

- Entonces, es cierto que uno podría hacer una tabla "num. de ciclos vs intensidad de fluorescencia", y tras calibrarla con muestras conocidas, estimar la cantidad de hebras de ADN en la muestra inicial. Pero la cuestión no es esa, sino el salto de decir: "cantidad de ADN en la muestra" es proporcional a "cantidad de virus en el posible infectado". Porque pasa que:

* El ADN con en el que empieza la PCR ha sido previamente obtenido transcribiendo ARN del virus, en un primer paso con la enzima transcriptasa inversa. Idealmente por cada hebra de ARN viral uno obtiene una hebra del ADN correspondiente, pero puede que la reacción no rinda al 100% y entonces ya estamos empezando a perder la relación cuantitativa.
* A su vez, el ARN viral ha sido aislado procesando la muestra inicial (el bastoncillo con el que te hacen el frotis) mediante una serie de pasos algo laboriosos. La concentración de ARN viral final en tu tubo de reacción depende mucho de cómo se hagan todos esos pasos, así que uno puede obtener poco ARN de una muestra rica, o bien tener una muestra pobre y sacarle un buen rendimiento. Es como cocinar pero más complicado, el resultado puede variar por cualquier razón, tiene una componente de aleatoriedad muy importante.
* Y por último y yo diría que más importante, todo depende de cómo se tome la muestra inicial y de cómo sea la distribución de la carga viral del sujeto. Cuando te hacen el frotis, te pueden meter el bastón más o menos, y frotarte más o menos, y luego puede ser que tú tengas carga viral alta en fosas nasales y baja en garganta o viceversa, puedes tener más o menos mucosidad, puede influir el entorno en que estés (humedad, contaminación...), incluso la marca y tipo de bastoncillo empleado, son muchas variables.

Entonces, yo diría que el proceso completo son muchos pasos como para garantizar que uno puede establecer una relación cuantitativa "ciclos PCR vs carga viral en el infectado". Quizá pudiera valer para comparar aquellos casos que sigan exactamente el mismo proceso (desde el mismo enfermero tomando muestras hasta mismo laboratorio para procesarlas), pero aun así yo no me mojaría mucho. Lo único de lo que yo me fiaría es del resultado binario + o - , y aun así hay que mirar bien la letra pequeña de todo lo que hace uno.

Por cierto que el otro día Lurker trajo un enlace sobre los falsos + en tests PCR (gracias!). Lo miré por encima, pero creí entender que era una especie de análisis sobre otros muchos tests para diversos virus (MERS, SARS-CoV-1, etc etc) para los que había info de cómo son de fiables las PCRs. Entendí que para el caso concreto de SARS-CoV-2 no había nada aún, pero seguramente se pueda inferir que la fiabilidad es muy parecida.

lum

  • Ojiplático
  • *
  • Gracias
  • -Dadas: 1846
  • -Recibidas: 679
  • Mensajes: 50
  • Nivel: 47
  • lum A veces destacalum A veces destacalum A veces destacalum A veces destaca
    • Ver Perfil
Re:COVID-19
« Respuesta #1508 en: Septiembre 01, 2020, 14:36:18 pm »

(...)

creo que fui yo el que te pedía los detalles de los protocolos y los proveedores. Era para irme directamente a su documentación, a ver lo que averiguaba. Gracias por la info, los miraré a ver. Aunque te puedo confirmar que muchas veces las instrucciones de los kits son bastante opacas, cuesta entender el proceso que hay que seguir.

Sobre lo que comentas: lo de usar el número de ciclos como indicador de la carga viral me parece en general mala idea. Primero vamos a como entiendo que funciona el proceso:

(...)


Danny, disculpa mi despiste, y gracias por la respuesta tan precisa. El resaltado es mío, porque es algo que ya en su momento me llamó la atención.

Creo que también me despisté de confirmarte que: creo que "coincidí" (virtualmente) con alguno de tus conocidos que comentabas, del repositorio de los protocolos implementados en Python para los Opentrons. Cuántas cosas agridulces se podrían decir, en general ratifico lo que dices.

No tengo a mano los enlaces, pero... En una búsqueda rápida, tras echarle un vistazo creo que éste es el correcto para el kit MagMAX que se usa en unos cuantos sitios: https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/AM1840 (en "Manuales y Protocolos" tienes la guía del susodicho protocolo).

--

Me comentaron una pequeña actualización la semana pasada, de los hospitales en los que estuve. Parece que están siendo más restrictivos todavía respecto los métodos + aparatos empleados para hacer "pooling" de muestras, justamente porque consideran que no todos aportan la suficiente sensibilidad en este momento (no sé si han cambiado los resultados obtenidos, o han variado un poco el criterio con respecto a hace unas semanas). Esto dificulta más todavía ese objetivo que tienen en algunas ciudades y regiones de hacer muchos miles de tests a amplios sectores de la población (y "dificulta" es casi un eufemismo en este caso).



Lurker

  • Espabilao
  • **
  • Gracias
  • -Dadas: 1652
  • -Recibidas: 2296
  • Mensajes: 477
  • Nivel: 28
  • Lurker Con poca relevanciaLurker Con poca relevancia
  • Joe, you know he won
    • Ver Perfil
Re:COVID-19
« Respuesta #1509 en: Septiembre 01, 2020, 17:23:18 pm »
En este artículo que se está comentando del NYTimes... Hay una idea central que a simple vista me parece tan simple como certera... y una propuesta al respecto de esa idea, que parte de una interpretación que me siembra muchas dudas. Si los que sabéis más del tema podéis aclarar lo que voy a comentar, se agradece :)

La idea es: el resultado que se está dando de los PCR es binario, nadie está registrando ningún tipo de medida que evalúe la carga viral del paciente. "Probablemente" (y si realmente es posible, que es lo que querría aclarar) habría que distinguir en el diagnóstico esta medida para clasificar los que tienen muy poca carga viral, y los que tienen más carga que determinado umbral (y que sí supondrían riesgo, incluidos aquí un subconjunto de los asintomáticos).

Ahora bien, la propuesta al respecto, es emplear como medida de la carga viral, el número de ciclos que fue necesario emplear en la PCR para descubrir el virus. De lo que vi en mi experiencia ya comentada, esto me chirría bastante. Comento dudas:
  • Hasta ahora he entendido que se detectan varios genes distintos, con ayuda de la termocicladora, y para cada uno de ellos puede ser necesario un número de ciclos distintos. Aquí a lo mejor me equivoco vaya.
  • Lo que sí me pareció claro es que hay más variables que influyen en el número de ciclos que son necesarios... Volvemos al tema de que hay fabricantes con reactivos y protocolos distintos para hacer este PCR, además cada laboratorio puede implementar este protocolo de formas algo distintas, usar máquinas distintas... Una forma de "testear" un protocolo + interpretación/implementación del mismo + reactivos concretos con medidas concretas + robots y herramientas concretas, era justamente comparar cuantos ciclos eran precisos para detectar estas secuencias genéticas, usando las mismas muestras. Esto es, distintos "métodos PCR" tendrán una sensibilidad distinta con la misma muestra.
  • Si estoy en lo cierto en el anterior punto, ¿entiendo que solamente sería válido comparar esta medida de número de ciclos, para resultados que fueron obtenidos usando todos los mismos elementos (protocolos, herramientas, reactivos) ?

No sé, a lo mejor estoy diciendo tonterías (probablemente), o a lo mejor no es una idea para nada válida lo de usar el número de ciclos como medida de carga viral.

Creo que hace unos días alguien (¿Lurker?) me preguntó si podía dar más detalles de los protocolos que se están utilizando para los PCR, y se me olvidó escribir... Debo tener enlaces por ahí, pero básicamente son los protocolos que están ofreciendo proveedores como ThermoFisher, Omega o Qiagen y se pueden encontrar en sus webs. Si los microbiólogos se tienen que esforzar para estar seguros de que los interpretan e implementan correctamente, no pretenderé decir que los comprendo bien ni mucho menos.

Buenas Lum,

creo que fui yo el que te pedía los detalles de los protocolos y los proveedores. Era para irme directamente a su documentación, a ver lo que averiguaba. Gracias por la info, los miraré a ver. Aunque te puedo confirmar que muchas veces las instrucciones de los kits son bastante opacas, cuesta entender el proceso que hay que seguir.

Sobre lo que comentas: lo de usar el número de ciclos como indicador de la carga viral me parece en general mala idea. Primero vamos a como entiendo que funciona el proceso:

- La PCR lo que hace es duplicar sucesivamente el gen que corresponde a los cebadores empleados. Cada ciclo se supone que duplica la cantidad de hebras de ADN. Para seguir la reacción y saber cuánto ADN lleva uno obtenido, en la mezcla de reactivos se ponen unas porciones de ADN que tienen "pegado" un marcador fluorescente y que también corresponden al gen que se busca. A medida que aparecen más copias del gen, esas porciones de ADN-marcador se van uniendo a las copias del gen recién creadas, y en la siguiente duplicación del gen la enzima polimerasa les "pasa por encima" liberando el marcador fluorescente. La gracia de esto es que la fluorescencia del marcador sólo está activa cuando está libre y no mientras estaba enlazado al ADN, así que si uno sigue la reacción con un fotómetro lo que ve es que la mezcla de reacción pasa de no mostrar nada de fluorescencia a mostrar fluorescencia incrementalmente.

- El parámetro que te dice si el test da positivo o no es la intensidad de esa fluorescencia. En los tests que he podido ver, hay unas tablas que te indican los valores umbral de fluorescencia a partir del cual uno considera que es + o no (la fluorescencia puede medirse a distintas longitudes de onda, puede ser que el test requiera superar el umbral en varias de ellas). Si uno quiere buscar varios genes, tiene que preparar varios tubos, y hacer la prueba para cada gen por separado (si lo hiciéramos todo en el mismo tubo estaríamos sumando todas las señales y no sabríamos cuál es de cada uno, a no ser que usáramos marcadores distintos que dieran distintos patrones de fluorescencia a distintas longitudes de onda, aunque esto me parece complicarse la vida y además diría que incrementa las posibilidades de reacciones cruzadas durante la PCR -- aunque no descartaría que algún test funcione así, es una de las cosas que no me quedan claras leyendo las instrucciones). Lo mismo se hace con los tubos de control, donde se añaden controles positivos y negativos que te confirman que la reacción se ha llevado a cabo bien, como la primera rayita de los tests de embarazo.

- Entonces, es cierto que uno podría hacer una tabla "num. de ciclos vs intensidad de fluorescencia", y tras calibrarla con muestras conocidas, estimar la cantidad de hebras de ADN en la muestra inicial. Pero la cuestión no es esa, sino el salto de decir: "cantidad de ADN en la muestra" es proporcional a "cantidad de virus en el posible infectado". Porque pasa que:

* El ADN con en el que empieza la PCR ha sido previamente obtenido transcribiendo ARN del virus, en un primer paso con la enzima transcriptasa inversa. Idealmente por cada hebra de ARN viral uno obtiene una hebra del ADN correspondiente, pero puede que la reacción no rinda al 100% y entonces ya estamos empezando a perder la relación cuantitativa.
* A su vez, el ARN viral ha sido aislado procesando la muestra inicial (el bastoncillo con el que te hacen el frotis) mediante una serie de pasos algo laboriosos. La concentración de ARN viral final en tu tubo de reacción depende mucho de cómo se hagan todos esos pasos, así que uno puede obtener poco ARN de una muestra rica, o bien tener una muestra pobre y sacarle un buen rendimiento. Es como cocinar pero más complicado, el resultado puede variar por cualquier razón, tiene una componente de aleatoriedad muy importante.
* Y por último y yo diría que más importante, todo depende de cómo se tome la muestra inicial y de cómo sea la distribución de la carga viral del sujeto. Cuando te hacen el frotis, te pueden meter el bastón más o menos, y frotarte más o menos, y luego puede ser que tú tengas carga viral alta en fosas nasales y baja en garganta o viceversa, puedes tener más o menos mucosidad, puede influir el entorno en que estés (humedad, contaminación...), incluso la marca y tipo de bastoncillo empleado, son muchas variables.

Entonces, yo diría que el proceso completo son muchos pasos como para garantizar que uno puede establecer una relación cuantitativa "ciclos PCR vs carga viral en el infectado". Quizá pudiera valer para comparar aquellos casos que sigan exactamente el mismo proceso (desde el mismo enfermero tomando muestras hasta mismo laboratorio para procesarlas), pero aun así yo no me mojaría mucho. Lo único de lo que yo me fiaría es del resultado binario + o - , y aun así hay que mirar bien la letra pequeña de todo lo que hace uno.

Por cierto que el otro día Lurker trajo un enlace sobre los falsos + en tests PCR (gracias!). Lo miré por encima, pero creí entender que era una especie de análisis sobre otros muchos tests para diversos virus (MERS, SARS-CoV-1, etc etc) para los que había info de cómo son de fiables las PCRs. Entendí que para el caso concreto de SARS-CoV-2 no había nada aún, pero seguramente se pueda inferir que la fiabilidad es muy parecida.

Citar
Estudio sobre los falsos positivos:

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.26.20080911v3.full.pdf+html

"The median and the interquartile range were lower for the full data set (median=2.3%, interquartile range=0.8-4.0%)".

Creo que Danny_M estaba interesado en esta información. Igual ya ha perdido el interés... Por si acaso, aquí lo tiene.

Sds.

Sí, Danny_M tiene razón:

SARS-CoV-2
 Except for validation of a laboratory's first few results, we found no requirement or recommendation
for a second confirmatory test—either on a separate sample or a second aliquot from the initial
sample—in guidance documents from the World Health Organization, the US Centers for Disease
Control and Prevention, the European Centre for Disease Prevention and Control, Public Health
England, the Public Health Agency of Canada, the Pan American Health Organization, or South
Korea's Centers for Disease Control and Prevention; instead these entities require only a single
positive PCR result to confirm infection in either symptomatic or asymptomatic persons.4-10 The
Chinese Centers for Disease Control and Prevention requires clinical manifestations and in most
cases epidemiological exposure in addition to a single positive PCR result to confirm a case
.20 Since
May 27 the Norwegian Institute of Public Health has recommended confirmatory tests of positive
results in persons who are both asymptomatic and without a history of exposure.21

 In most regions testing was initially restricted to persons with clinical signs and symptoms and
elevated epidemiological risk, but as tests became more available many authorities called for and
implemented broader use of PCR-based tests, including testing of individuals with no symptoms or
known exposure risk

(MIREN LA DIFERENCIA DE CRITERIO CHINA - OCCIDENTE / nosotros estamos buscando asintomáticos y SOSPECHOSOS como "casos totales", ellos ni siquiera los asintomáticos)

Testing the tests

External quality assessments (EQAs) test the implementation of medical diagnostic assays by
providing participating laboratories with blind panels of positive and negative samples. The
laboratories assay these samples using their normal procedures and report the results to the
EQA manager, who compiles and analyzes the results. Since relevant data from EQAs of
SARS-CoV-2 assays are not yet available, we reviewed the range of false positive rates (FPRs)
in 43 EQAs of PCR assays of RNA viruses conducted in 2004-2019
(see Supplemental
Material-Version 3: Methods). Each EQA enrolled between three and 174 participating
laboratories, which together provided results for 4,113 blind panels containing 10,538 negative
samples, of which 336 (3.2%) were reported as positive (Table 1). We considered two data sets
comprising all 43 EQAs (full data set), and the 35 EQAs that analyzed at least 100 negative
samples (subset). FPRs in each EQA ranged from 0 to 16.7% for the full data set, and 0 to 8.1%
for the subset. The median and the interquartile range were lower for the full data set
(median=2.3%, interquartile range=0.8-4.0%)
than for the subset (median=2.5%, interquartile
range=1.2-4.0%) (Supplemental Material-Version 3: Figure S2).

The EQAs did not report any relationship between false positives and the type of assay used.
This is unsurprising since the likely sources of these false positives (contamination, human
error) are more directly connected to laboratory practices and layouts than to which particular
assay is used. Thus there is probably no systematic difference between the FPRs among the
scores of different assays used to detect SARS-CoV-2 and the hundreds of different assays in
the reviewed EQAs
.

---

Esto es lo más cercano que he encontrado a algo que trate de medir el porcentaje de falsos positivos. El último párrafo parece indicar que los errores vienen de la operativa de los tests y no de los tests en sí y que es probable que sea aplicable al presente caso. El promedio se sitúa en 2.3% y los autores recogen conservadoramente el 0.8% de falsos positivos.

Sds.
« última modificación: Septiembre 01, 2020, 17:24:50 pm por Lurker »

Lurker

  • Espabilao
  • **
  • Gracias
  • -Dadas: 1652
  • -Recibidas: 2296
  • Mensajes: 477
  • Nivel: 28
  • Lurker Con poca relevanciaLurker Con poca relevancia
  • Joe, you know he won
    • Ver Perfil
Re:COVID-19
« Respuesta #1510 en: Septiembre 01, 2020, 20:44:47 pm »
https://www.nytimes.com/2020/08/31/opinion/cdc-testing-coronavirus.html

It Has Come to This: Ignore the C.D.C.

"The agency’s new guidelines are wrong, so states have to step up on their own to suppress the coronavirus."

D-E-M-E-N-C-I-A-L

Edito:

Hoy en las noticias de A3 ha salido que Cavadas pedía una investigación independiente para esclarecer, según la propia redacción, "por qué la mortalidad es tan alta en España", la noticia ha sido muy sucinta con imágenes de archivo del médico y ni una declaración suya propia. Por supuesto, esto no era para salir en la cabecera, pero ya que lo mencionaban, qué menos que decir lo que ha dicho? Es desesperante.
« última modificación: Septiembre 01, 2020, 21:13:53 pm por Lurker »

CHOSEN

  • Netocrata
  • ****
  • Gracias
  • -Dadas: 22802
  • -Recibidas: 44367
  • Mensajes: 4751
  • Nivel: 929
  • CHOSEN Sus opiniones inspiran a los demás.CHOSEN Sus opiniones inspiran a los demás.CHOSEN Sus opiniones inspiran a los demás.CHOSEN Sus opiniones inspiran a los demás.CHOSEN Sus opiniones inspiran a los demás.CHOSEN Sus opiniones inspiran a los demás.CHOSEN Sus opiniones inspiran a los demás.CHOSEN Sus opiniones inspiran a los demás.CHOSEN Sus opiniones inspiran a los demás.CHOSEN Sus opiniones inspiran a los demás.CHOSEN Sus opiniones inspiran a los demás.CHOSEN Sus opiniones inspiran a los demás.
  • GRACIAS POR PARTICIPAR
    • Ver Perfil
    • www.TransicionEstructural.net
Re:COVID-19
« Respuesta #1511 en: Septiembre 01, 2020, 21:24:22 pm »

El planeta sigue esperando a que alguien defina si los asintomaticos transmiten el virus.
Lo mas lógico sería interpretar que esta enfermedad vírica de las vías respiratorias se comporta igual que el resto de enfermedades víricas de las vias respiratorias conocidas, y que la condición de asintomático viene dada por una escasísima carga vírica (ergo no transmisible de forma viable).

Pero como el problema no es de salud, sino político, pues pasa lo que pasa.
Problema POLITICO.
China "4000 muertos", continente COVID-Free, y con la vacuna ya en fase de preproducción.
El gran elefante saltando sobre la porcelana que algunos se empeñan en hacer como que no existe.
Como si sirviera de algo.





Lurker

  • Espabilao
  • **
  • Gracias
  • -Dadas: 1652
  • -Recibidas: 2296
  • Mensajes: 477
  • Nivel: 28
  • Lurker Con poca relevanciaLurker Con poca relevancia
  • Joe, you know he won
    • Ver Perfil
Re:COVID-19
« Respuesta #1512 en: Septiembre 01, 2020, 21:59:48 pm »

El planeta sigue esperando a que alguien defina si los asintomaticos transmiten el virus.
Lo mas lógico sería interpretar que esta enfermedad vírica de las vías respiratorias se comporta igual que el resto de enfermedades víricas de las vias respiratorias conocidas, y que la condición de asintomático viene dada por una escasísima carga vírica (ergo no transmisible de forma viable).

Pero como el problema no es de salud, sino político, pues pasa lo que pasa.
Problema POLITICO.
China "4000 muertos", continente COVID-Free, y con la vacuna ya en fase de preproducción.
El gran elefante saltando sobre la porcelana que algunos se empeñan en hacer como que no existe.
Como si sirviera de algo.

CHOSEN, lo saben desde el principio:

https://twitter.com/YossiGestetner/status/1298100965409792004?s=09

Este es Fauci diciéndolo.

Desde. El. Principio.

Lurker

  • Espabilao
  • **
  • Gracias
  • -Dadas: 1652
  • -Recibidas: 2296
  • Mensajes: 477
  • Nivel: 28
  • Lurker Con poca relevanciaLurker Con poca relevancia
  • Joe, you know he won
    • Ver Perfil
Re:COVID-19
« Respuesta #1513 en: Septiembre 02, 2020, 00:31:06 am »
En este artículo que se está comentando del NYTimes... Hay una idea central que a simple vista me parece tan simple como certera... y una propuesta al respecto de esa idea, que parte de una interpretación que me siembra muchas dudas. Si los que sabéis más del tema podéis aclarar lo que voy a comentar, se agradece :)

La idea es: el resultado que se está dando de los PCR es binario, nadie está registrando ningún tipo de medida que evalúe la carga viral del paciente. "Probablemente" (y si realmente es posible, que es lo que querría aclarar) habría que distinguir en el diagnóstico esta medida para clasificar los que tienen muy poca carga viral, y los que tienen más carga que determinado umbral (y que sí supondrían riesgo, incluidos aquí un subconjunto de los asintomáticos).

Ahora bien, la propuesta al respecto, es emplear como medida de la carga viral, el número de ciclos que fue necesario emplear en la PCR para descubrir el virus. De lo que vi en mi experiencia ya comentada, esto me chirría bastante. Comento dudas:
  • Hasta ahora he entendido que se detectan varios genes distintos, con ayuda de la termocicladora, y para cada uno de ellos puede ser necesario un número de ciclos distintos. Aquí a lo mejor me equivoco vaya.
  • Lo que sí me pareció claro es que hay más variables que influyen en el número de ciclos que son necesarios... Volvemos al tema de que hay fabricantes con reactivos y protocolos distintos para hacer este PCR, además cada laboratorio puede implementar este protocolo de formas algo distintas, usar máquinas distintas... Una forma de "testear" un protocolo + interpretación/implementación del mismo + reactivos concretos con medidas concretas + robots y herramientas concretas, era justamente comparar cuantos ciclos eran precisos para detectar estas secuencias genéticas, usando las mismas muestras. Esto es, distintos "métodos PCR" tendrán una sensibilidad distinta con la misma muestra.
  • Si estoy en lo cierto en el anterior punto, ¿entiendo que solamente sería válido comparar esta medida de número de ciclos, para resultados que fueron obtenidos usando todos los mismos elementos (protocolos, herramientas, reactivos) ?

No sé, a lo mejor estoy diciendo tonterías (probablemente), o a lo mejor no es una idea para nada válida lo de usar el número de ciclos como medida de carga viral.

Creo que hace unos días alguien (¿Lurker?) me preguntó si podía dar más detalles de los protocolos que se están utilizando para los PCR, y se me olvidó escribir... Debo tener enlaces por ahí, pero básicamente son los protocolos que están ofreciendo proveedores como ThermoFisher, Omega o Qiagen y se pueden encontrar en sus webs. Si los microbiólogos se tienen que esforzar para estar seguros de que los interpretan e implementan correctamente, no pretenderé decir que los comprendo bien ni mucho menos.

Buenas Lum,

creo que fui yo el que te pedía los detalles de los protocolos y los proveedores. Era para irme directamente a su documentación, a ver lo que averiguaba. Gracias por la info, los miraré a ver. Aunque te puedo confirmar que muchas veces las instrucciones de los kits son bastante opacas, cuesta entender el proceso que hay que seguir.

Sobre lo que comentas: lo de usar el número de ciclos como indicador de la carga viral me parece en general mala idea. Primero vamos a como entiendo que funciona el proceso:

- La PCR lo que hace es duplicar sucesivamente el gen que corresponde a los cebadores empleados. Cada ciclo se supone que duplica la cantidad de hebras de ADN. Para seguir la reacción y saber cuánto ADN lleva uno obtenido, en la mezcla de reactivos se ponen unas porciones de ADN que tienen "pegado" un marcador fluorescente y que también corresponden al gen que se busca. A medida que aparecen más copias del gen, esas porciones de ADN-marcador se van uniendo a las copias del gen recién creadas, y en la siguiente duplicación del gen la enzima polimerasa les "pasa por encima" liberando el marcador fluorescente. La gracia de esto es que la fluorescencia del marcador sólo está activa cuando está libre y no mientras estaba enlazado al ADN, así que si uno sigue la reacción con un fotómetro lo que ve es que la mezcla de reacción pasa de no mostrar nada de fluorescencia a mostrar fluorescencia incrementalmente.

- El parámetro que te dice si el test da positivo o no es la intensidad de esa fluorescencia. En los tests que he podido ver, hay unas tablas que te indican los valores umbral de fluorescencia a partir del cual uno considera que es + o no (la fluorescencia puede medirse a distintas longitudes de onda, puede ser que el test requiera superar el umbral en varias de ellas). Si uno quiere buscar varios genes, tiene que preparar varios tubos, y hacer la prueba para cada gen por separado (si lo hiciéramos todo en el mismo tubo estaríamos sumando todas las señales y no sabríamos cuál es de cada uno, a no ser que usáramos marcadores distintos que dieran distintos patrones de fluorescencia a distintas longitudes de onda, aunque esto me parece complicarse la vida y además diría que incrementa las posibilidades de reacciones cruzadas durante la PCR -- aunque no descartaría que algún test funcione así, es una de las cosas que no me quedan claras leyendo las instrucciones). Lo mismo se hace con los tubos de control, donde se añaden controles positivos y negativos que te confirman que la reacción se ha llevado a cabo bien, como la primera rayita de los tests de embarazo.

- Entonces, es cierto que uno podría hacer una tabla "num. de ciclos vs intensidad de fluorescencia", y tras calibrarla con muestras conocidas, estimar la cantidad de hebras de ADN en la muestra inicial. Pero la cuestión no es esa, sino el salto de decir: "cantidad de ADN en la muestra" es proporcional a "cantidad de virus en el posible infectado". Porque pasa que:

* El ADN con en el que empieza la PCR ha sido previamente obtenido transcribiendo ARN del virus, en un primer paso con la enzima transcriptasa inversa. Idealmente por cada hebra de ARN viral uno obtiene una hebra del ADN correspondiente, pero puede que la reacción no rinda al 100% y entonces ya estamos empezando a perder la relación cuantitativa.
* A su vez, el ARN viral ha sido aislado procesando la muestra inicial (el bastoncillo con el que te hacen el frotis) mediante una serie de pasos algo laboriosos. La concentración de ARN viral final en tu tubo de reacción depende mucho de cómo se hagan todos esos pasos, así que uno puede obtener poco ARN de una muestra rica, o bien tener una muestra pobre y sacarle un buen rendimiento. Es como cocinar pero más complicado, el resultado puede variar por cualquier razón, tiene una componente de aleatoriedad muy importante.
* Y por último y yo diría que más importante, todo depende de cómo se tome la muestra inicial y de cómo sea la distribución de la carga viral del sujeto. Cuando te hacen el frotis, te pueden meter el bastón más o menos, y frotarte más o menos, y luego puede ser que tú tengas carga viral alta en fosas nasales y baja en garganta o viceversa, puedes tener más o menos mucosidad, puede influir el entorno en que estés (humedad, contaminación...), incluso la marca y tipo de bastoncillo empleado, son muchas variables.

Entonces, yo diría que el proceso completo son muchos pasos como para garantizar que uno puede establecer una relación cuantitativa "ciclos PCR vs carga viral en el infectado". Quizá pudiera valer para comparar aquellos casos que sigan exactamente el mismo proceso (desde el mismo enfermero tomando muestras hasta mismo laboratorio para procesarlas), pero aun así yo no me mojaría mucho. Lo único de lo que yo me fiaría es del resultado binario + o - , y aun así hay que mirar bien la letra pequeña de todo lo que hace uno.

Por cierto que el otro día Lurker trajo un enlace sobre los falsos + en tests PCR (gracias!). Lo miré por encima, pero creí entender que era una especie de análisis sobre otros muchos tests para diversos virus (MERS, SARS-CoV-1, etc etc) para los que había info de cómo son de fiables las PCRs. Entendí que para el caso concreto de SARS-CoV-2 no había nada aún, pero seguramente se pueda inferir que la fiabilidad es muy parecida.

Parece que el "problema" es el umbral:

https://www.n-tv.de/wissen/Zu-viele-positiv-Getestete-harmlos-article22006224.html

Traducción de google:

Demasiados dieron positivo inofensivo

"Test, Test, Test" funcionó bien al comienzo de la pandemia de corona en Alemania. Pero ahora se están agotando las capacidades, se desperdicia tiempo y dinero con pruebas que son demasiado caras y lentas, y muchas personas deben ser puestas en cuarentena sin ningún motivo. Es hora de ajustar la estrategia.

Depende de la carga viral

En rara armonía, el virólogo Hendrik Streeck y el experto en salud del SPD Karl Lauterbach compartieron recientemente un artículo en el "New York Times". Se trata del hecho de que una gran cantidad de personas en los EE. UU. Dan positivo a pesar de que probablemente no sean contagiosas en absoluto. Porque con la prueba de PCR estándar hay básicamente solo dos resultados posibles: sí o no. En otras palabras: la prueba realmente solo está ahí para detectar el virus. Un resultado positivo no dice nada sobre si un paciente está, estuvo o estará enfermo. Y tampoco sabes si es contagioso.

Eso no es suficiente, dice el epidemiólogo Michael Mina de Harvard T.H. Escuela Chan de Salud Pública. La cantidad de virus en el cuerpo de un paciente es crucial para saber si es contagioso o no. Es irresponsable que se descuide este hecho. Los expertos alemanes también piden un cambio de estrategia. Christian Drosten, virólogo de Charité, es uno de ellos. "Se necesitan pruebas de infectividad en lugar de infección", escribió en "Die Zeit". Las pruebas de PCR comunes ya proporcionaron la información necesaria sobre la carga viral. "Si nos atreviéramos a derivar un umbral de tolerancia para la carga viral a partir de los datos científicos ahora disponibles, los oficiales médicos podrían liberar inmediatamente a aquellos cuya carga viral ya ha caído por debajo del umbral del período de descomposición. Probablemente sería la gran mayoría", dijo Drosten.

El valor límite para las pruebas de PCR es demasiado alto

La información que importa es el valor Ct. Corresponde al número de ciclos de PCR que son necesarios hasta que se señaliza positivamente el genoma del virus (ARN). Por tanto, un valor más alto habla de una infectividad más baja. Una cantidad correspondiente de virus vivos se deduce de la cantidad de ARN. El Instituto Robert Koch (RKI) ha determinado un valor superior a 30 como criterio por el cual los pacientes pueden salir del aislamiento como una ayuda de orientación para los médicos "en base a la experiencia previa". Esto se justifica por el hecho de que una cantidad correspondiente de virus no es suficiente para multiplicarse en el laboratorio.

El "New York Times" escribe que la mayoría de las pruebas de PCR ya dan un resultado positivo con un valor de Ct por debajo de 40. Esto corresponde a un artículo de la "Pharmazeutische Zeitung" según la práctica común en Alemania. Pero "cualquier prueba con un umbral de ciclo por encima de 35 es demasiado sensible", dijo Juliet Morrison, viróloga de la Universidad de California, al New York Times. Un límite razonable estaría entre 30 y 35. Su colega Michael Mina está a favor del valor Ct recomendado por el RKI.

Efectos dramáticos

Un valor límite más bajo tendría un efecto dramático en el número de infecciones registradas. En julio, 794 pruebas en un laboratorio de Nueva York dieron positivo, de las cuales la mitad se habría perdido si el valor Ct se hubiera reducido a 35, escribe el New York Times. En un umbral de 30, las pruebas solo habrían alcanzado el 30 por ciento. En Massachusetts, ese número habría resultado negativo de 85 a 90 por ciento en lugar de positivo, dice Mina. [Actualización] Sin embargo, esto probablemente no tendría ningún efecto en las estadísticas, ya que los científicos quieren seguir contando todos los resultados positivos.

Sin embargo, un problema con esto es que las personas que se infectaron recientemente también podrían tener concentraciones bajas de virus. Esta objeción se aplica en general a las pruebas de corona, por lo que generalmente es necesaria una segunda prueba para estar seguro en personas asintomáticas. Esto, a su vez, aumenta los costes y el esfuerzo de las ya costosas y lentas pruebas de PCR.

Pruebas rápidas inexactas a la perfección

Por tanto, Mina y otros científicos estadounidenses abogan por el uso de pruebas rápidas. También en Alemania, cada vez más expertos, por ejemplo Karl Lauterbach y el virólogo Alexander Kekulé, están pidiendo esto. Los métodos que ya han sido aprobados en el extranjero o que están a punto de estar disponibles en Alemania incluyen pruebas de antígenos que detectan proteínas del virus en lugar de material genético. Los más simples son tan sencillos como las pruebas de embarazo.

Las pruebas rápidas son menos precisas que las pruebas de PCR, pero esto es incluso una ventaja cuando se realizan pruebas en personas asintomáticas. Porque no funcionan cuando la carga viral es demasiado baja para ser contagiosa. Por lo tanto, las pruebas rápidas son probablemente la herramienta adecuada para usar en pruebas preventivas y pruebas masivas en lugar de desperdiciar PCR. Eso podría no alcanzar a todos los transportistas, dice Michael Mina. Pero las pruebas rápidas seguramente encontrarían a las personas más contagiosas, incluidos los superpropagadores. "Eso por sí solo reduciría las epidemias a prácticamente cero".

wanderer

  • Sabe de economía
  • *****
  • Gracias
  • -Dadas: 63682
  • -Recibidas: 46878
  • Mensajes: 6830
  • Nivel: 773
  • wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.wanderer Sus opiniones inspiran a los demás.
    • Ver Perfil
Re:COVID-19
« Respuesta #1514 en: Septiembre 02, 2020, 10:02:38 am »
Interesante entrevista:

Citar
Nacho de Blas, epidemiólogo veterinario de la Universidad de Zaragoza

«Por lo que sabemos de los coronavirus de animales, va a ser difícil conseguir una vacuna eficaz»

https://www.abc.es/ciencia/abci-sabemos-coronavirus-animales-dificil-conseguir-vacuna-eficaz-202009012215_noticia.html
"De lo que que no se puede hablar, es mejor callar" (L. Wittgenstein; Tractatus Logico-Philosophicus).

Tags:
 


SimplePortal 2.3.3 © 2008-2010, SimplePortal