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Es que ya han dejado de hablar de según qué temas.¿Os acordáis de la famosa curva? Si si, aquella curva que había que aplanar. Nunca más se supo de ella.
Ayer, hablando con mi señora madre, que tiene 88 años y vive en su casa, aunque sola, me comentaba que desde siempre había considerado a las residencias "morideros", a los que no quería ir bajo ningún concepto, y mucho menos ahora.Le dije que para mí lo peor del trato que recibieron en las residencias, fue su abandono, y que estaba lejos de ver como un drama que muchos ancianos murieran un poco antes de tiempo. Según ella, todo día adicional que vivía, era un día de más.Mi madre es atea radical, por cierto.
Cita de: wanderer en Agosto 31, 2020, 11:27:34 amCitarThe final — and most controversial idea — is that genetic change is making the virus less virulent as it passes through human populations. “Viruses are prone to mutate as they move into a new host: human beings,” said Prof Openshaw. “Mutations could produce more or less severe variants but theory suggests that on the whole they are likely to be less severe.”Ésto entra en abierta contradicción con el mensaje de nuestro ministro de pacotIlla, que se niega a considerar un descenso en la virulencia. Luego los demás es que somos conspiranoicos...My two cents as brother in law: me llama un poco la atención que califiquen a esto como idea controversial, ya que mi suegra -que es médica y tiene cierta experiencia en epidemiología-, me dijo al principio de la epidemia que éste es precisamente el mecanismo mediante el cual las epidemias finalmente remiten (aunque no existan medicamentos): los virus, al circular por un organismo infectado van mutando gracias a la acción de los anticuerpos de su huésped. De modo que éste, al reinfectar a otra persona, lo hace con un virus levemente modificado por sus propios anticuerpos, que tienen patrones específicos de especie, de modo que ese virus ya no es tan agresivo con el huesped siguiente, y así sucesivamente.De hecho, esto es justamente lo que se llama "inmunidad de rebaño", y que es lo que termina haciendo remitir la pandemia: a mayor circulación del virus progresivamente atenuado, los contagios serán sucesivamente mejor contrarrestados por los nuevos infectados, hasta que el virus pierde su capacidad destructiva.Es por eso que un virus que convive con un tipo de animal sin afectarlo puede provocar una catástrofe al saltar de especie: porque los patrones inmunológicos tienen características distintas en las distintas especies, y las atenuaciones válidas para la inmunidad de rebaño de una, no necesariamente funcionan para otra.
CitarThe final — and most controversial idea — is that genetic change is making the virus less virulent as it passes through human populations. “Viruses are prone to mutate as they move into a new host: human beings,” said Prof Openshaw. “Mutations could produce more or less severe variants but theory suggests that on the whole they are likely to be less severe.”Ésto entra en abierta contradicción con el mensaje de nuestro ministro de pacotIlla, que se niega a considerar un descenso en la virulencia. Luego los demás es que somos conspiranoicos...
The final — and most controversial idea — is that genetic change is making the virus less virulent as it passes through human populations. “Viruses are prone to mutate as they move into a new host: human beings,” said Prof Openshaw. “Mutations could produce more or less severe variants but theory suggests that on the whole they are likely to be less severe.”
Your Coronavirus Test Is Positive. Maybe It Shouldn’t Be.The usual diagnostic tests may simply be too sensitive and too slow to contain the spread of the virus.Some of the nation’s leading public health experts are raising a new concern in the endless debate over coronavirus testing in the United States: The standard tests are diagnosing huge numbers of people who may be carrying relatively insignificant amounts of the virus.Most of these people are not likely to be contagious, and identifying them may contribute to bottlenecks that prevent those who are contagious from being found in time. But researchers say the solution is not to test less, or to skip testing people without symptoms, as recently suggested by the Centers for Disease Control and Prevention.
La guerra de las mascarillas también se libra en Holanda: de obligatorias a ¿inútiles?El Gobierno holandés lleva meses negándose a obligar al uso de mascarillas, mientras los diferentes municipios denuncian que la gente no mantiene la distancia físicahttps://www.elconfidencial.com/mundo/europa/2020-08-31/paises-bajos-mascarillas-mark-rutte-obligatorias_2724891/
En este artículo que se está comentando del NYTimes... Hay una idea central que a simple vista me parece tan simple como certera... y una propuesta al respecto de esa idea, que parte de una interpretación que me siembra muchas dudas. Si los que sabéis más del tema podéis aclarar lo que voy a comentar, se agradece La idea es: el resultado que se está dando de los PCR es binario, nadie está registrando ningún tipo de medida que evalúe la carga viral del paciente. "Probablemente" (y si realmente es posible, que es lo que querría aclarar) habría que distinguir en el diagnóstico esta medida para clasificar los que tienen muy poca carga viral, y los que tienen más carga que determinado umbral (y que sí supondrían riesgo, incluidos aquí un subconjunto de los asintomáticos).Ahora bien, la propuesta al respecto, es emplear como medida de la carga viral, el número de ciclos que fue necesario emplear en la PCR para descubrir el virus. De lo que vi en mi experiencia ya comentada, esto me chirría bastante. Comento dudas:Hasta ahora he entendido que se detectan varios genes distintos, con ayuda de la termocicladora, y para cada uno de ellos puede ser necesario un número de ciclos distintos. Aquí a lo mejor me equivoco vaya.Lo que sí me pareció claro es que hay más variables que influyen en el número de ciclos que son necesarios... Volvemos al tema de que hay fabricantes con reactivos y protocolos distintos para hacer este PCR, además cada laboratorio puede implementar este protocolo de formas algo distintas, usar máquinas distintas... Una forma de "testear" un protocolo + interpretación/implementación del mismo + reactivos concretos con medidas concretas + robots y herramientas concretas, era justamente comparar cuantos ciclos eran precisos para detectar estas secuencias genéticas, usando las mismas muestras. Esto es, distintos "métodos PCR" tendrán una sensibilidad distinta con la misma muestra. Si estoy en lo cierto en el anterior punto, ¿entiendo que solamente sería válido comparar esta medida de número de ciclos, para resultados que fueron obtenidos usando todos los mismos elementos (protocolos, herramientas, reactivos) ?No sé, a lo mejor estoy diciendo tonterías (probablemente), o a lo mejor no es una idea para nada válida lo de usar el número de ciclos como medida de carga viral.Creo que hace unos días alguien (¿Lurker?) me preguntó si podía dar más detalles de los protocolos que se están utilizando para los PCR, y se me olvidó escribir... Debo tener enlaces por ahí, pero básicamente son los protocolos que están ofreciendo proveedores como ThermoFisher, Omega o Qiagen y se pueden encontrar en sus webs. Si los microbiólogos se tienen que esforzar para estar seguros de que los interpretan e implementan correctamente, no pretenderé decir que los comprendo bien ni mucho menos.
(...)creo que fui yo el que te pedía los detalles de los protocolos y los proveedores. Era para irme directamente a su documentación, a ver lo que averiguaba. Gracias por la info, los miraré a ver. Aunque te puedo confirmar que muchas veces las instrucciones de los kits son bastante opacas, cuesta entender el proceso que hay que seguir.Sobre lo que comentas: lo de usar el número de ciclos como indicador de la carga viral me parece en general mala idea. Primero vamos a como entiendo que funciona el proceso:(...)
Cita de: lum en Septiembre 01, 2020, 12:04:13 pmEn este artículo que se está comentando del NYTimes... Hay una idea central que a simple vista me parece tan simple como certera... y una propuesta al respecto de esa idea, que parte de una interpretación que me siembra muchas dudas. Si los que sabéis más del tema podéis aclarar lo que voy a comentar, se agradece La idea es: el resultado que se está dando de los PCR es binario, nadie está registrando ningún tipo de medida que evalúe la carga viral del paciente. "Probablemente" (y si realmente es posible, que es lo que querría aclarar) habría que distinguir en el diagnóstico esta medida para clasificar los que tienen muy poca carga viral, y los que tienen más carga que determinado umbral (y que sí supondrían riesgo, incluidos aquí un subconjunto de los asintomáticos).Ahora bien, la propuesta al respecto, es emplear como medida de la carga viral, el número de ciclos que fue necesario emplear en la PCR para descubrir el virus. De lo que vi en mi experiencia ya comentada, esto me chirría bastante. Comento dudas:Hasta ahora he entendido que se detectan varios genes distintos, con ayuda de la termocicladora, y para cada uno de ellos puede ser necesario un número de ciclos distintos. Aquí a lo mejor me equivoco vaya.Lo que sí me pareció claro es que hay más variables que influyen en el número de ciclos que son necesarios... Volvemos al tema de que hay fabricantes con reactivos y protocolos distintos para hacer este PCR, además cada laboratorio puede implementar este protocolo de formas algo distintas, usar máquinas distintas... Una forma de "testear" un protocolo + interpretación/implementación del mismo + reactivos concretos con medidas concretas + robots y herramientas concretas, era justamente comparar cuantos ciclos eran precisos para detectar estas secuencias genéticas, usando las mismas muestras. Esto es, distintos "métodos PCR" tendrán una sensibilidad distinta con la misma muestra. Si estoy en lo cierto en el anterior punto, ¿entiendo que solamente sería válido comparar esta medida de número de ciclos, para resultados que fueron obtenidos usando todos los mismos elementos (protocolos, herramientas, reactivos) ?No sé, a lo mejor estoy diciendo tonterías (probablemente), o a lo mejor no es una idea para nada válida lo de usar el número de ciclos como medida de carga viral.Creo que hace unos días alguien (¿Lurker?) me preguntó si podía dar más detalles de los protocolos que se están utilizando para los PCR, y se me olvidó escribir... Debo tener enlaces por ahí, pero básicamente son los protocolos que están ofreciendo proveedores como ThermoFisher, Omega o Qiagen y se pueden encontrar en sus webs. Si los microbiólogos se tienen que esforzar para estar seguros de que los interpretan e implementan correctamente, no pretenderé decir que los comprendo bien ni mucho menos.Buenas Lum, creo que fui yo el que te pedía los detalles de los protocolos y los proveedores. Era para irme directamente a su documentación, a ver lo que averiguaba. Gracias por la info, los miraré a ver. Aunque te puedo confirmar que muchas veces las instrucciones de los kits son bastante opacas, cuesta entender el proceso que hay que seguir.Sobre lo que comentas: lo de usar el número de ciclos como indicador de la carga viral me parece en general mala idea. Primero vamos a como entiendo que funciona el proceso:- La PCR lo que hace es duplicar sucesivamente el gen que corresponde a los cebadores empleados. Cada ciclo se supone que duplica la cantidad de hebras de ADN. Para seguir la reacción y saber cuánto ADN lleva uno obtenido, en la mezcla de reactivos se ponen unas porciones de ADN que tienen "pegado" un marcador fluorescente y que también corresponden al gen que se busca. A medida que aparecen más copias del gen, esas porciones de ADN-marcador se van uniendo a las copias del gen recién creadas, y en la siguiente duplicación del gen la enzima polimerasa les "pasa por encima" liberando el marcador fluorescente. La gracia de esto es que la fluorescencia del marcador sólo está activa cuando está libre y no mientras estaba enlazado al ADN, así que si uno sigue la reacción con un fotómetro lo que ve es que la mezcla de reacción pasa de no mostrar nada de fluorescencia a mostrar fluorescencia incrementalmente. - El parámetro que te dice si el test da positivo o no es la intensidad de esa fluorescencia. En los tests que he podido ver, hay unas tablas que te indican los valores umbral de fluorescencia a partir del cual uno considera que es + o no (la fluorescencia puede medirse a distintas longitudes de onda, puede ser que el test requiera superar el umbral en varias de ellas). Si uno quiere buscar varios genes, tiene que preparar varios tubos, y hacer la prueba para cada gen por separado (si lo hiciéramos todo en el mismo tubo estaríamos sumando todas las señales y no sabríamos cuál es de cada uno, a no ser que usáramos marcadores distintos que dieran distintos patrones de fluorescencia a distintas longitudes de onda, aunque esto me parece complicarse la vida y además diría que incrementa las posibilidades de reacciones cruzadas durante la PCR -- aunque no descartaría que algún test funcione así, es una de las cosas que no me quedan claras leyendo las instrucciones). Lo mismo se hace con los tubos de control, donde se añaden controles positivos y negativos que te confirman que la reacción se ha llevado a cabo bien, como la primera rayita de los tests de embarazo.- Entonces, es cierto que uno podría hacer una tabla "num. de ciclos vs intensidad de fluorescencia", y tras calibrarla con muestras conocidas, estimar la cantidad de hebras de ADN en la muestra inicial. Pero la cuestión no es esa, sino el salto de decir: "cantidad de ADN en la muestra" es proporcional a "cantidad de virus en el posible infectado". Porque pasa que:* El ADN con en el que empieza la PCR ha sido previamente obtenido transcribiendo ARN del virus, en un primer paso con la enzima transcriptasa inversa. Idealmente por cada hebra de ARN viral uno obtiene una hebra del ADN correspondiente, pero puede que la reacción no rinda al 100% y entonces ya estamos empezando a perder la relación cuantitativa.* A su vez, el ARN viral ha sido aislado procesando la muestra inicial (el bastoncillo con el que te hacen el frotis) mediante una serie de pasos algo laboriosos. La concentración de ARN viral final en tu tubo de reacción depende mucho de cómo se hagan todos esos pasos, así que uno puede obtener poco ARN de una muestra rica, o bien tener una muestra pobre y sacarle un buen rendimiento. Es como cocinar pero más complicado, el resultado puede variar por cualquier razón, tiene una componente de aleatoriedad muy importante.* Y por último y yo diría que más importante, todo depende de cómo se tome la muestra inicial y de cómo sea la distribución de la carga viral del sujeto. Cuando te hacen el frotis, te pueden meter el bastón más o menos, y frotarte más o menos, y luego puede ser que tú tengas carga viral alta en fosas nasales y baja en garganta o viceversa, puedes tener más o menos mucosidad, puede influir el entorno en que estés (humedad, contaminación...), incluso la marca y tipo de bastoncillo empleado, son muchas variables.Entonces, yo diría que el proceso completo son muchos pasos como para garantizar que uno puede establecer una relación cuantitativa "ciclos PCR vs carga viral en el infectado". Quizá pudiera valer para comparar aquellos casos que sigan exactamente el mismo proceso (desde el mismo enfermero tomando muestras hasta mismo laboratorio para procesarlas), pero aun así yo no me mojaría mucho. Lo único de lo que yo me fiaría es del resultado binario + o - , y aun así hay que mirar bien la letra pequeña de todo lo que hace uno.Por cierto que el otro día Lurker trajo un enlace sobre los falsos + en tests PCR (gracias!). Lo miré por encima, pero creí entender que era una especie de análisis sobre otros muchos tests para diversos virus (MERS, SARS-CoV-1, etc etc) para los que había info de cómo son de fiables las PCRs. Entendí que para el caso concreto de SARS-CoV-2 no había nada aún, pero seguramente se pueda inferir que la fiabilidad es muy parecida.
Estudio sobre los falsos positivos:https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.26.20080911v3.full.pdf+html"The median and the interquartile range were lower for the full data set (median=2.3%, interquartile range=0.8-4.0%)".Creo que Danny_M estaba interesado en esta información. Igual ya ha perdido el interés... Por si acaso, aquí lo tiene.Sds.
El planeta sigue esperando a que alguien defina si los asintomaticos transmiten el virus.Lo mas lógico sería interpretar que esta enfermedad vírica de las vías respiratorias se comporta igual que el resto de enfermedades víricas de las vias respiratorias conocidas, y que la condición de asintomático viene dada por una escasísima carga vírica (ergo no transmisible de forma viable).Pero como el problema no es de salud, sino político, pues pasa lo que pasa.Problema POLITICO.China "4000 muertos", continente COVID-Free, y con la vacuna ya en fase de preproducción.El gran elefante saltando sobre la porcelana que algunos se empeñan en hacer como que no existe.Como si sirviera de algo.
Nacho de Blas, epidemiólogo veterinario de la Universidad de Zaragoza«Por lo que sabemos de los coronavirus de animales, va a ser difícil conseguir una vacuna eficaz»https://www.abc.es/ciencia/abci-sabemos-coronavirus-animales-dificil-conseguir-vacuna-eficaz-202009012215_noticia.html