COVID-19

[Lurker]

Este perfil en Twitter es lo más cercano que he visto al perfil Ethical Sceptic en nuestro país. Seguro que algunos ya lo conocen. Espero que les sirva.

https://twitter.com/ChGefaell/status/1304580665099378692?s=19

Sds.

El pico de nuevos caso se da el 5 de marzo, que es el momento en el que el Gobierno se hace caquita y empieza a moverse. El 15 de marzo, fecha del decreto de Estado de alarma, diez días después de alcanzar el pico, este ya se había reducido a la mitad, y sólo una semana después la tasa de nuevos casos cae a cero.

Pues, en efecto, tiene toda la pinta de que el confinamiento va a ocupar el lugar más alto en nuestra interminable lista de hechos grotescos.

Breades, el gráfico mide la tasa de crecimiento (% growth) no el número absoluto. Esta diferencia es fundamental.

Lo que dice es que la tasa de crecimiento más rápido se alcanzó el 5 de Marzo (ritmo del 550% más o menos) - peak of growth. Desde ahí la tasa de crecimiento decrece. Cuando se decreta el confinamiento la tasa de crecimiento sigue siendo positiva hasta más o menos el 24 de Marzo (a ojo por el gráfico) - o sea que la tasa de crecimiento siguió siendo positiva durante casi 10 días. El ritmo de contagio siguio creciendo por unos días hasta que empezó a decrecer.

P.S. Si los que hicieron ese informe no entienden esto que acabo de escribir, sinceramente tienen una empanada mental de campeones y no deberían comentar gráficos con tasas de crecimiento porque no los entienden.

P.S.S. Efectivamente el comentario que hacen al gráfico en la derecha significa que no lo entienden.

El gráfico está bien porque no es acumulativo. En el eje izquierdo figuran los porcentajes de crecimiento, como bien indica. Más allá de que sea correcto o no (que yo creo más bien que sí) si se parte del día en que se encuentra el pico máximo (porcentaje mayor disponible) el proceso de ascensión anterior y su porcentaje de crecimiento se colocan a la izquierda hasta que llega al máximo. Una vez alcanzado, si los porcentajes son progresivamente menores se colocan a derecha y bajan. Y así se puede ver la tendencia.

Porque si siempre sumas, aunque sea un 1% o un 0.01%, la línea nunca va a bajar. Y tenemos una progresión lineal que no refleja el estado de la epidemia. Yo soy de humanidades, no tendría que estar explicando esto.

Por otro lado, el confinamiento inicial permitía que un número bastante elevado de personas siguieran yendo a trabajar. Vimos las imágenes en los transportes públicos. Por muchas o pocas transacciones víricas que creen (o puedan probar que hubiera, que no pueden) que se dieron durante esas dos semanas, la tendencia de la curva siguió cayendo (como refleja la curva de fallecidos OFICIAL). No hubo reflejo de incremento visible en número de casos, hospitalizaciones o fallecidos. Y las semanas de confinamiento total puede que aceleraran el proceso, pero la tendencia estaba establecida y era firme, como demuestra, de nuevo, LA CURVA DE FALLECIDOS. Si vamos a los números de Madrid por semanas que ofrece el INE, lo pueden comprobar, el pico de fallecidos se da entre las semanas 13 y 14. Gente yendo a comprar MAYORITARIAMENTE SIN MASCARILLA. La epidemia estaba concentrada ya donde no debía estar.

¿He de volver a mencionar que en The Lancet han publicado que los confinamientos no supusieron un descenso en el número de fallecidos?

[Maloserá]

Este perfil en Twitter es lo más cercano que he visto al perfil Ethical Sceptic en nuestro país. Seguro que algunos ya lo conocen. Espero que les sirva.

https://twitter.com/ChGefaell/status/1304580665099378692?s=19

Sds.

El pico de nuevos caso se da el 5 de marzo, que es el momento en el que el Gobierno se hace caquita y empieza a moverse. El 15 de marzo, fecha del decreto de Estado de alarma, diez días después de alcanzar el pico, este ya se había reducido a la mitad, y sólo una semana después la tasa de nuevos casos cae a cero.

Pues, en efecto, tiene toda la pinta de que el confinamiento va a ocupar el lugar más alto en nuestra interminable lista de hechos grotescos.

Breades, el gráfico mide la tasa de crecimiento (% growth) no el número absoluto. Esta diferencia es fundamental.

Lo que dice es que la tasa de crecimiento más rápido se alcanzó el 5 de Marzo (ritmo del 550% más o menos) - peak of growth. Desde ahí la tasa de crecimiento decrece. Cuando se decreta el confinamiento la tasa de crecimiento sigue siendo positiva hasta más o menos el 24 de Marzo (a ojo por el gráfico) - o sea que la tasa de crecimiento siguió siendo positiva durante casi 10 días. El ritmo de contagio siguio creciendo por unos días hasta que empezó a decrecer.

P.S. Si los que hicieron ese informe no entienden esto que acabo de escribir, sinceramente tienen una empanada mental de campeones y no deberían comentar gráficos con tasas de crecimiento porque no los entienden.

P.S.S. Efectivamente el comentario que hacen al gráfico en la derecha significa que no lo entienden.

El gráfico está bien porque no es acumulativo. En el eje izquierdo figuran los porcentajes de crecimiento, como bien indica. Más allá de que sea correcto o no (que yo creo más bien que sí) si se parte del día en que se encuentra el pico máximo (porcentaje mayor disponible) el proceso de ascensión anterior y su porcentaje de crecimiento se colocan a la izquierda hasta que llega al máximo. Una vez alcanzado, si los porcentajes son progresivamente menores se colocan a derecha y bajan. Y así se puede ver la tendencia.
...

El gráfico claro que está bien (si los datos son correctos) es la interpretación la errónea.

La tasa de crecimiento es la tasa de crecimiento.

En el post anterior al que yo contestaba, decia 'El pico de nuevos casos se da el 5 de marzo...' No es así. No es lo que dice el gráfico. Y Breades que me disculpe si mi mensaje fue abrupto (lo fué). No iba contra el, sino contra la manera en que resumen el grafico en el bloque de texto a la derecha.

He visto el estudio / informe así rápido. Y tampoco tengo claro que este bien hecho.  El numero de casos no se basa en tests (sería estúpido) pero calculan el numero de infectados en función del numero de fallecidos, usando la CFR de 0.6. O sea, que si hubo 6 muertos pues asumen que hubo 1000 infectados.

Sabemos que la CFR era mayor al principio hasta que los medicos empezaron a acertar, a ver que funcionaba, a usar corticoides etc. Entonces calcular el numero de contagios tanto en Abril como en Agosto, basandose en una CFR constante me parece así como de cálculo de servilleta de papel en el bar.

[puede ser]

https://www.lavozdegalicia.es/noticia/sociedad/2020/09/18/solucion-covid-ponte-mascarilla-callate-boca/00031600442149823100229.htm

¿La solución para el covid? Ponte la mascarilla y cállate la boca
Los expertos aseguran que si toda la humanidad estuviese en silencio durante uno o dos meses la pandemia desaparecería

Quienes investigan el covid-19 han ensalzado con razón las virtudes de las mascarillas; han aclamado la necesidad de la ventilación y han elogiado la naturaleza saludable de las actividades al aire libre. Pero hay otra táctica conductual que no ha recibido suficiente atención, en parte, porque se da a conocer por su ausencia. Es la táctica del silencio.

«Todas las rutas de transmisión viral fallarían si habláramos menos, o habláramos más bajo en los espacios públicos», aseguró José L. Jiménez, profesor de la Universidad de Colorado, que estudia la transmisión de enfermedades. «Este es un hecho muy claro. No es polémico». Debido a cómo se propaga esta enfermedad, el silencio es una estrategia antiviral de oro. El coronavirus parece moverse principalmente a través de partículas virales que brotan de nuestras bocas cuando estornudamos, tosemos, hablamos o cantamos. Las partículas virales salen de nuestro cuerpo en forma de gotas y aerosoles. Viajan a través del aire y pueden alojarse en la nariz, la garganta y los pulmones de otras personas. Así transmitido por el libre tránsito de nuestras exhalaciones, el virus viaja a un nuevo huésped.

(...)

Hablar menos, más tranquilamente o nada, limita la fabricación tanto de gotículas como de aerosoles. Según Jiménez, en comparación con los gritos, hablar en voz baja reduce los aerosoles en un factor de cinco; mientras que estar completamente en silencio los reduce en un factor de aproximadamente 50. Eso significa que hablar en voz baja reduce el riesgo de transmisión viral en un grado comparable a usar una mascarilla correctamente.

(...)
Una de las historias de éxito internacional más curiosas de la pandemia es Japón. Si bien gran parte del mundo enfatizó la importancia de las pruebas y el rastreo, Japón inicialmente no tenía pruebas masivas ni medios sofisticados de rastreo de contactos. Sin embargo, ajustando los datos según la población, el país tiene actualmente aproximadamente un 98 % menos de muertes por covid-19 que EE.UU. Gran parte del mérito ha recaído en su clara orientación pública a evitar las tres C: espacios cerrados, lugares abarrotados y entornos de contacto cercano, incluidas las «conversaciones a corta distancia».

Esa tercera C merece más amplificación. Incluso después de que su número de pasajeros en tránsito volviera a la normalidad, Japón no informó de brotes en los metros de Tokio, famosos por estar abarrotados de gente. Los trenes de la ciudad suelen estar bien ventilados y los japoneses han tenido décadas de práctica con el uso de mascarillas. Pero hay algo más en juego: los viajeros japoneses tienen una regla informal de evitar hablar en voz alta en los trenes, si es que lo hacen.

(...)

Un mayor enfoque en la ciencia de la exhalación y los aerosoles podría ayudar a las personas a comprender qué entornos son sorprendentemente seguros o sorprendentemente riesgosos. En muchas ciudades, los restaurantes se han recuperado más rápido que los cines. Pero las salas de cine con asientos espaciados, el uso universal de mascarillas y el silencio total pueden ser menos riesgosos que los restaurantes de interior, donde los comensales hablan y mastican sin mascarillas.

(...)

Los gimnasios, por el contrario, podrían parecer seguros si todo el mundo hace ejercicio en un silencio reverente. Pero un estudio de los flujos de exhalación realizado por investigadores del Universidad de Cassino y Sur de Lazio en Italia estimó que la mayoría de las personas expulsan más partículas virales mientras respiran durante los entrenamientos pesados ??que cuando están de pie y hablando. Hablar normalmente después de un entrenamiento intenso podría expulsar tantas partículas virales como gritar en reposo. Estas estimaciones son aproximadas y difieren de una persona a otra. Pero la conclusión clara es que resoplar y resoplar en una bicicleta fija, en una habitación llena de gente, es arriesgado. Incluso si nunca dices una palabra.

(...)

Comentario de un lector: Esto explicaría muchas cosas Somos uno de los países donde la gente grita más. Y tenemos la costumbre de acercarnos al interlocutor. Imaginaos ahora una comida familiar o de amigos. No pasaría nada por hablar más bajo una temporada.

© 2020 The Atlantic Online. Distribuido por Tribune Content. Traducción, Lorena Maya

Saludos

[Lurker]

He visto el estudio / informe así rápido. Y tampoco tengo claro que este bien hecho.  El numero de casos no se basa en tests (sería estúpido) pero calculan el numero de infectados en función del numero de fallecidos, usando la CFR de 0.6. O sea, que si hubo 6 muertos pues asumen que hubo 1000 infectados. Otra cosa es que el número de fallecidos reconocidos no sea correcto y sea superior o inferior al contabilizado. Mi duda era si el problema era de semántica casos/infecciones, pero al estar presente el 0.6 para el periodo, creo que casos está bien aplicado, por el estudio serológico, que convertiría en casos lo que se ha podido calcular.

Un saludo y perdone haberle malinterpretado. Corrijo el exceso del post anterior.



Sabemos que la CFR era mayor al principio hasta que los medicos empezaron a acertar, a ver que funcionaba, a usar corticoides etc. Entonces calcular el numero de contagios tanto en Abril como en Agosto, basandose en una CFR constante me parece así como de cálculo de servilleta de papel en el bar.

Primero, un placer volver a cruzarme con usted XD.

Ese 0.6 no sale de la nada. Sale del estudio serológico oficial que tenemos en España, que tiene en cuenta lo que apunta dentro de los hospitales (tratamientos y demás) y que se convierte en nuestro CFR oficial, porque el IFR todavía no lo hemos podido determinar.

EDITO (no sé por qué no está todo lo que había escrito):

Mi movida venía de la semántica de si aceptar casos o infecciones, creo que casos es correcto por lo mencionado del estudio serológico. Editado el post anterior para eliminar mis excesos.

Un saludo

[Lurker]

XD!

Miren a este "anónimo manifestante escogido al azar":

https://twitter.com/JosPastr/status/1307636807492923392?s=19

Estos no son ni negacionistas, ni irresponsables, ni nada. Cómo me está recordando esto a las protestas en EEUU por George Floyd...

Valle Inclán se debe estar partiendo la caja con este país.

Sds.

Edito:

https://twitter.com/HorcajoXavier/status/1307664007545999366?s=19

Por favor, dense prisa en atar cabos.

Edito:

Si sumamos esto:

https://blogs.elconfidencial.com/espana/palo-alto/2020-08-29/sanchez-empresarios-para-doblegar-a-casado_2728448/

Sánchez: empresarios para doblegar a Casado

¿No es esto muy casualidoso?

[breades]

para empezar ese grafico indica : with offical data only.
asi que el ajuste a la realidad...

para continuar, intentar hacer creer que el pico fue el 4 de marzo y que el la manifestaciones del 8 de marzo, no aumentaron los casos en Madrid , es tomar a la gente por idiota.

Por otra parte en marzo , la cantidad y la calidad de las pruebas pcr o de detención de COVID eran muy bajas con respecto a la totalidad de infectados.

Si esto es lo mejor que teneis para decirnos que el  covid es una simple gripe, me quedo con el hilo de burbuja.

Mire que era difícil superar la interpretación que hice anoche del gráfico. Sepa que lo ha conseguido.

Claro que hubo contagiados en el 8M y el mitin posterior de Vox en Vista Alegre, pero hoyga, que el virus llevaba circulando por España varios meses. Imagine el trasiego diario en el transporte público, los estadios de fútbol, locales de ocio y restauración, los centros de trabajo, etc... Esos dos eventos partidistas son un grano de arena en el desierto.

El gráfico claro que está bien (si los datos son correctos) es la interpretación la errónea.

La tasa de crecimiento es la tasa de crecimiento.

En el post anterior al que yo contestaba, decia 'El pico de nuevos casos se da el 5 de marzo...' No es así. No es lo que dice el gráfico. Y Breades que me disculpe si mi mensaje fue abrupto (lo fué). No iba contra el, sino contra la manera en que resumen el grafico en el bloque de texto a la derecha.

He visto el estudio / informe así rápido. Y tampoco tengo claro que este bien hecho.  El numero de casos no se basa en tests (sería estúpido) pero calculan el numero de infectados en función del numero de fallecidos, usando la CFR de 0.6. O sea, que si hubo 6 muertos pues asumen que hubo 1000 infectados.

Sabemos que la CFR era mayor al principio hasta que los medicos empezaron a acertar, a ver que funcionaba, a usar corticoides etc. Entonces calcular el numero de contagios tanto en Abril como en Agosto, basandose en una CFR constante me parece así como de cálculo de servilleta de papel en el bar.

No hay problema, tiene razón.

Lo que quería resaltar es que la influencia del confinamiento es despreciable viendo esos datos, que no es poco.

[conejo]

Los médicos también irresponsables (?), que pensaban que no, pero sí:

https://www.vozpopuli.com/espana/contagios-medicos-coronavirus_0_1393061298.html

La nota que ha hecho estallar a los médicos: "Sus contagios se deben a periodos de ocio"

"En periodos de relajación en los que no se tienen en cuenta todas las medidas protectoras y de prevención como son la distancia social, el uso de mascarilla o el compartir espacios reducidos sin respetar el aforo máximo".

https://www.youtube.com/watch?v=vlZjSqLXtJM&ab_channel=C5N

[mpt]

.... el positivismo feliz ....

ya me jodieron el cuento

.... cállate la bocaLos expertos aseguran que si toda la humanidad estuviese en silencio durante uno o dos meses la pandemia desaparecería ....

a ver si ademas va a salir alguien diciendo que los que sufriran la salida por la parte baja de la k son los que mas chillan
 

[Danny_M]

Buenas tardes, vengo a contarles una historia muy personal pero que no me importa compartir y creo que será de interés para el hilo. Por ahora sólo puedo darles una pincelada, no puedo escribir mucho porque estoy muy muy liado y no puedo forear mucho.

Sólo les diré esto: la próxima vez que alguien les diga que la mascarilla les estorba en su día a día, para comprar el pan o para hacer footing, contéstenle que se imaginen lo que es parir a una criatura con una mascarilla puesta desde que entras al hospital hasta que te ponen a la criatura en brazos. Yo lo he visto con estos ojos, y sí se puede.

En cuanto pueda les contaré más impresiones del sistema de salud y de más cosas. Ahora, como les decía, estoy liadísimo de cojones. Pero muy feliz. En casa todos bien, por suerte. 

Un abrazo a todos y cuídense. Volveré en cuanto pueda a darles la chapa. Lurker, Chosen, no os libraréis de mí tan fácilmente, malandrines.

Considérense todos invitados a un ronda de cervezas virtuales. 

PS. Voy por la página 111, espero poder ponerme al día en ratitos sueltos... 

PPS. Supongo que ahora ya saben porqué algunos estábamos tan obsesionados con el principio de precaución. 

Les sigo leyendo, no bajen el nivel 

[puede ser]

Claro que hubo contagiados en el 8M y el mitin posterior de Vox en Vista Alegre, pero hoyga, que el virus llevaba circulando por España varios meses. Imagine el trasiego diario en el transporte público, los estadios de fútbol, locales de ocio y restauración, los centros de trabajo, etc... Esos dos eventos partidistas son un grano de arena en el desierto.

¿Fuentes de información?, ¿aquel estudio de las aguas residuales de Barcelona tan discutido?

https://www.redaccionmedica.com/secciones/sanidad-hoy/origen-coronavirus-espana-cepa-linaje-vitoria-febrero-1484

El virus SARS- Cov-2 entró en España por la ciudad de Vitoria, en torno a 11 de febrero de 2020, a través de la cepa genética B3a. El País Vasco es la comunidad autónoma con más probabilidades de albergar el origen de la pandemia en España, con un foco de expansión importante que tiene lugar entre los días 5 y 14 de aquel mes, así como entre el 16 y el 19 de marzo.

Estas son algunas de las conclusiones a las que llegaron los científicos del IDIS Antonio Salas Ellacuriaga y Federico Martinón Torres (jefe del Servicio de Pediatría del Hospital Clínico de Santiago de Compostela) en un artículo que acaba de ver la luz en la revista Zoological Research y que identifica las cinco cepas genéticas que explicarían el 90% de todos los incidentes en la base de datos de genomas, la práctica totalidad de los casos de Covid-19 en el territorio español.

A2a5, el segundo linaje más importante del virus en España, pudo originarse en Italia, el lugar donde surge su ancestro evolutivo, A2a, a su vez, el más importante a nivel mundial. Esta última llegaría a España a principios de marzo y rápidamente se hace fuerte en Madrid, explican los investigadores. Muchos de estos linajes, ya sean los generados dentro de España, como los importados, pudieron ser exportados a otros lugares del mundo, como Inglaterra (B3a) o Sudamérica (B3a o A2a4, entre otras).

(...)

Con la finalidad de entenderla desde el punto de vista del agente causal, el equipo de investigadores analizó un total de 41.362 genomas, de los cuales 1.245 componen la muestra española. Este es el mayor estudio global llevado a cabo hasta la fecha en relación con la variabilidad genómica del SARS- CoV-2 en el mundo y el primero publicado en explorar la variación genética en España.

(click to show/hide)

Según este estudio, existen cinco linajes principales que explican casi el 90% de todos los incidentes en la base de datos de genomas: A2a5 (38.4%), B3a (30.1%), B9 (8.7%), A2a4 (7.8%), y A2a10 (2.8%). “Mediante una combinación de análisis evolutivos y matemáticos que tienen en cuenta no solo la cronología de los genomas, sino también sus patrones de variación genómica, fuimos capaces de reconstruir el origen más probable de estos linajes, dentro y fuera de España”, explica Antonio Salas. El estudio constata que mientras que B3a, B9 y la sub-linaje A2a5-c surgieron en España; A2a5, A2a4 y A2a10 fueron importados de otros países de Europa.

Un aspecto distintivo del SARS-CoV-2 en España es la frecuencia tan elevada de genomas pertenecientes a la cepa B: 39.3%; mayoritariamente representadas por las sub-cepas B3a y B9. “En el estudio presentado, se hace una investigación al más puro estilo policial aunando la información que procede de distintas fuentes, básicamente evolutivas, geoespaciales y cronológicas (filogeografía) y ayudándose de la enorme fuente de información aportada por la gran base de datos internacional de genomas utilizada en el estudio”, explican los científicos.

En relación con el linaje B3a, y a la luz de los datos existentes en los genomas que componen la muestra, el estudio concluye que el País Vasco es la zona más probable para albergar su origen. Por otro lado, A2a5, el segundo linaje más importante en España “muy probablemente se originó en Italia, otro de los grandes epicentros no asiático en la expansión del coronavirus”, afirman Salas y Martinón.

La mutación D614 G es menos frecuente en España

Existen ya algunos trabajos que apuntan a que la mutación D614 G en el coronavirus le confiere una mayor capacidad de transmisión. “Nuestro estudio indica que esta mutación está presente en aproximadamente un 56% de todas las cepas de España, lo cual podría parecer muy alta, pero es con todo la más baja de toda Europa (82%)”, señalan.

Los resultados de estos investigadores no apoyan una implicación de esta mutación en el alto incidente de Covid-19 en España, no solamente por su frecuencia que es difícil de encajar con el incidente de la enfermedad, sino también porque la mutación surge en A2 y no A2a; pero es A2a, con todo, “la cepa que tiene éxito a nivel mundial”. Los autores proponen que es el azar, técnicamente deriva génica, favorecido por eventos de super-contagio, lo que eleva la frecuencia de esta mutación en todo el mundo.

Los linajes principales de España experimentaron incrementos repentinos en su tamaño efectivo en un tiempo muy corto y en ciudades concretas. El análisis evolutivo de estos linajes delata que detrás de estas expansiones del virus fue necesaria la mediación de super- contagiadores.

Existen varias fuentes de evidencia en relación con este hecho que tienen que ver con la vida media de las cepas de los virus, sus tasas evolutivas, localización geográfica, o cronología, entre otras. “Por todo ello creemos que el papel de los super-contagiadores y no variaciones ventajosas en el genoma del virus, tuvieron mucha más importancia a la hora de entender y explicar la epidemioloxía del SARS- Cov-2”, dice Martinón.

La metodología utilizada por el grupo de Salas y Martinón servirá de modelo para estudiar cualquier otra zona del mundo y demuestra la posibilidad de estudiar la dinámica del virus a escalas geográficas pequeñas cuando se analizan en un contexto pandémico internacional.

Este trabajo es solo una parte de un proyecto mucho más ambicioso denominado GEN- COVID, una apuesta que integra genómica, transcriptómica, epigenómica, proteómica e inmunología. El artículo titulado ‘Phylogeography of SARS- CoV-2 pandemic in Spain: la story of multiple introductions, micro- geographic stratification, founder effects, and super- spreaders’ está también firmado por Alberto Gómez Carballa, Xabier Bello Paderne, Jacobo Pardo Seco y María Luisa Pérez del Molino-Bernal.

[visillófilas pepitófagas]

Considérense todos invitados a un ronda de cervezas virtuales. 

¡Enhorabuena y un fuerte abrazo!

[CHOSEN]

Enhorabuena Danny.
Muchas felicidades!

[breades]

Claro que hubo contagiados en el 8M y el mitin posterior de Vox en Vista Alegre, pero hoyga, que el virus llevaba circulando por España varios meses. Imagine el trasiego diario en el transporte público, los estadios de fútbol, locales de ocio y restauración, los centros de trabajo, etc... Esos dos eventos partidistas son un grano de arena en el desierto.

¿Fuentes de información?, ¿aquel estudio de las aguas residuales de Barcelona tan discutido?

https://www.redaccionmedica.com/secciones/sanidad-hoy/origen-coronavirus-espana-cepa-linaje-vitoria-febrero-1484

El virus SARS- Cov-2 entró en España por la ciudad de Vitoria, en torno a 11 de febrero de 2020, a través de la cepa genética B3a. El País Vasco es la comunidad autónoma con más probabilidades de albergar el origen de la pandemia en España, con un foco de expansión importante que tiene lugar entre los días 5 y 14 de aquel mes, así como entre el 16 y el 19 de marzo.

Estas son algunas de las conclusiones a las que llegaron los científicos del IDIS Antonio Salas Ellacuriaga y Federico Martinón Torres (jefe del Servicio de Pediatría del Hospital Clínico de Santiago de Compostela) en un artículo que acaba de ver la luz en la revista Zoological Research y que identifica las cinco cepas genéticas que explicarían el 90% de todos los incidentes en la base de datos de genomas, la práctica totalidad de los casos de Covid-19 en el territorio español.

A2a5, el segundo linaje más importante del virus en España, pudo originarse en Italia, el lugar donde surge su ancestro evolutivo, A2a, a su vez, el más importante a nivel mundial. Esta última llegaría a España a principios de marzo y rápidamente se hace fuerte en Madrid, explican los investigadores. Muchos de estos linajes, ya sean los generados dentro de España, como los importados, pudieron ser exportados a otros lugares del mundo, como Inglaterra (B3a) o Sudamérica (B3a o A2a4, entre otras).

(...)

Con la finalidad de entenderla desde el punto de vista del agente causal, el equipo de investigadores analizó un total de 41.362 genomas, de los cuales 1.245 componen la muestra española. Este es el mayor estudio global llevado a cabo hasta la fecha en relación con la variabilidad genómica del SARS- CoV-2 en el mundo y el primero publicado en explorar la variación genética en España.

(click to show/hide)

Según este estudio, existen cinco linajes principales que explican casi el 90% de todos los incidentes en la base de datos de genomas: A2a5 (38.4%), B3a (30.1%), B9 (8.7%), A2a4 (7.8%), y A2a10 (2.8%). “Mediante una combinación de análisis evolutivos y matemáticos que tienen en cuenta no solo la cronología de los genomas, sino también sus patrones de variación genómica, fuimos capaces de reconstruir el origen más probable de estos linajes, dentro y fuera de España”, explica Antonio Salas. El estudio constata que mientras que B3a, B9 y la sub-linaje A2a5-c surgieron en España; A2a5, A2a4 y A2a10 fueron importados de otros países de Europa.

Un aspecto distintivo del SARS-CoV-2 en España es la frecuencia tan elevada de genomas pertenecientes a la cepa B: 39.3%; mayoritariamente representadas por las sub-cepas B3a y B9. “En el estudio presentado, se hace una investigación al más puro estilo policial aunando la información que procede de distintas fuentes, básicamente evolutivas, geoespaciales y cronológicas (filogeografía) y ayudándose de la enorme fuente de información aportada por la gran base de datos internacional de genomas utilizada en el estudio”, explican los científicos.

En relación con el linaje B3a, y a la luz de los datos existentes en los genomas que componen la muestra, el estudio concluye que el País Vasco es la zona más probable para albergar su origen. Por otro lado, A2a5, el segundo linaje más importante en España “muy probablemente se originó en Italia, otro de los grandes epicentros no asiático en la expansión del coronavirus”, afirman Salas y Martinón.

La mutación D614 G es menos frecuente en España

Existen ya algunos trabajos que apuntan a que la mutación D614 G en el coronavirus le confiere una mayor capacidad de transmisión. “Nuestro estudio indica que esta mutación está presente en aproximadamente un 56% de todas las cepas de España, lo cual podría parecer muy alta, pero es con todo la más baja de toda Europa (82%)”, señalan.

Los resultados de estos investigadores no apoyan una implicación de esta mutación en el alto incidente de Covid-19 en España, no solamente por su frecuencia que es difícil de encajar con el incidente de la enfermedad, sino también porque la mutación surge en A2 y no A2a; pero es A2a, con todo, “la cepa que tiene éxito a nivel mundial”. Los autores proponen que es el azar, técnicamente deriva génica, favorecido por eventos de super-contagio, lo que eleva la frecuencia de esta mutación en todo el mundo.

Los linajes principales de España experimentaron incrementos repentinos en su tamaño efectivo en un tiempo muy corto y en ciudades concretas. El análisis evolutivo de estos linajes delata que detrás de estas expansiones del virus fue necesaria la mediación de super- contagiadores.

Existen varias fuentes de evidencia en relación con este hecho que tienen que ver con la vida media de las cepas de los virus, sus tasas evolutivas, localización geográfica, o cronología, entre otras. “Por todo ello creemos que el papel de los super-contagiadores y no variaciones ventajosas en el genoma del virus, tuvieron mucha más importancia a la hora de entender y explicar la epidemioloxía del SARS- Cov-2”, dice Martinón.

La metodología utilizada por el grupo de Salas y Martinón servirá de modelo para estudiar cualquier otra zona del mundo y demuestra la posibilidad de estudiar la dinámica del virus a escalas geográficas pequeñas cuando se analizan en un contexto pandémico internacional.

Este trabajo es solo una parte de un proyecto mucho más ambicioso denominado GEN- COVID, una apuesta que integra genómica, transcriptómica, epigenómica, proteómica e inmunología. El artículo titulado ‘Phylogeography of SARS- CoV-2 pandemic in Spain: la story of multiple introductions, micro- geographic stratification, founder effects, and super- spreaders’ está también firmado por Alberto Gómez Carballa, Xabier Bello Paderne, Jacobo Pardo Seco y María Luisa Pérez del Molino-Bernal.

Ese estudio que cita lo único que demuestra es que tienen identificadas distintas cepas del bixo. Al respecto de su origen y su entrada en España se pueden leer demasiados condicionales. Le copio una noticia con el mismo nivel de certeza:

Defensa, sobre los militares españoles que volvieron de Wuhan con síntomas de gripe: "Nadie hablaba entonces de coronavirus"

[Lurker]

Buenas tardes, vengo a contarles una historia muy personal pero que no me importa compartir y creo que será de interés para el hilo. Por ahora sólo puedo darles una pincelada, no puedo escribir mucho porque estoy muy muy liado y no puedo forear mucho.

Sólo les diré esto: la próxima vez que alguien les diga que la mascarilla les estorba en su día a día, para comprar el pan o para hacer footing, contéstenle que se imaginen lo que es parir a una criatura con una mascarilla puesta desde que entras al hospital hasta que te ponen a la criatura en brazos. Yo lo he visto con estos ojos, y sí se puede.

En cuanto pueda les contaré más impresiones del sistema de salud y de más cosas. Ahora, como les decía, estoy liadísimo de cojones. Pero muy feliz. En casa todos bien, por suerte. 

Un abrazo a todos y cuídense. Volveré en cuanto pueda a darles la chapa. Lurker, Chosen, no os libraréis de mí tan fácilmente, malandrines.

Considérense todos invitados a un ronda de cervezas virtuales. 

PS. Voy por la página 111, espero poder ponerme al día en ratitos sueltos... 

PPS. Supongo que ahora ya saben porqué algunos estábamos tan obsesionados con el principio de precaución. 

Les sigo leyendo, no bajen el nivel 

Qué bueno leerte de nuevo Danny. Aquí te espero, todavía tengo fe en que seas uno di noi en el genial grupo negacionista (XD!).

Un abrazo y que siga la seda en lo que sea que estés.

[mpt]

Enhorabuena Danny

Lo saben más de lo que parece, pero les da igual.

¿Por qué aún hoy los alemanes no pueden hablar desinhibidamente del nazismo?

Porque no hay una explicación razonable a lo que ocurrió.

Conozco APIs ─que ya no cumplen los 55. Pues bien, cuando les explicas la trama burbujil se quedan observando el infinito y dicen sí a todo, pero que en cualquier conversación banal siguen creyendo

Ni los pisitofilos se lo imaginaron, sobretodo lo que respecta a las rentas del alquiler. Ni uno, ni el más optimistas de ellos hubiera apostado por las rentas que se están pagando. No se quien la ideó pero fue una jugada maestra, de la que nos va a costar una barbaridad cambiar la opinión.

no, no me he equivocado de hilo, ¿nos hacemos chinos?, porque de hispanistanies va de mal en peor