COVID-19

[puede ser]

Muy buen post de Knownuthing, que quizá conozcan algunos de ustedes. Parece que emerge un factor de riesgo más que determinante, que es la falta de vitamina D.

https://www.rankia.com/blog/game-over/4605664-covid-letalidad-vitamina-d

Aprovecho para recomendar también ese blog en general.

Pues si la vitamina D es importante fíjate en este dato:
https://www.lavozdegalicia.es/noticia/sociedad/2020/05/06/cuarenta-dias-sol-peninsula/00031588771739899438512.htm

La cuarentena sin sol en la Península
Desde el 15 de marzo hasta el 23 de abril se registraron menos horas de sol en sur el de Europa que en el norte.
Una investigación realizada desde la delegación valenciana de la Agencia Estatal de Meteorología ha descubierto que durante la cuarentena, el período desde el 15 de marzo hasta el 23 de abril, que coincide además con la fase más intensa del confinamiento se registró en el sur de Europa una anomalía en las horas de insolación. «Hemos comparado el número de horas de sol registradas entre el 15 de marzo y el 23 de abril de 2020 con el mismo período de tiempo de varias series históricas, y la respuesta es que en observatorios como Valencia, Castellón o Málaga ha sido, con diferencia, el período equivalente de cuarenta días con menos horas de sol registradas y en otros muchos se sitúa entre los tres más bajos de la serie. En el observatorio del aeropuerto Madrid-Barajas Adolfo Suárez, que tiene datos digitalizados de insolación desde 1951 y valor fue de 178.6 horas de sol, es el segundo más bajo», explica el autor del trabajo José Ángel Núñez Mora.

Esto sí es una conspiración cósmica "nivel God". 157 horas más de sol en Berlín que lo habitual para dicho periodo.

[Danny_M]

Muy buen post de Knownuthing, que quizá conozcan algunos de ustedes. Parece que emerge un factor de riesgo más que determinante, que es la falta de vitamina D.

https://www.rankia.com/blog/game-over/4605664-covid-letalidad-vitamina-d

Aprovecho para recomendar también ese blog en general.

Pues si la vitamina D es importante fíjate en este dato:
https://www.lavozdegalicia.es/noticia/sociedad/2020/05/06/cuarenta-dias-sol-peninsula/00031588771739899438512.htm

La cuarentena sin sol en la Península
Desde el 15 de marzo hasta el 23 de abril se registraron menos horas de sol en sur el de Europa que en el norte.
Una investigación realizada desde la delegación valenciana de la Agencia Estatal de Meteorología ha descubierto que durante la cuarentena, el período desde el 15 de marzo hasta el 23 de abril, que coincide además con la fase más intensa del confinamiento se registró en el sur de Europa una anomalía en las horas de insolación. «Hemos comparado el número de horas de sol registradas entre el 15 de marzo y el 23 de abril de 2020 con el mismo período de tiempo de varias series históricas, y la respuesta es que en observatorios como Valencia, Castellón o Málaga ha sido, con diferencia, el período equivalente de cuarenta días con menos horas de sol registradas y en otros muchos se sitúa entre los tres más bajos de la serie. En el observatorio del aeropuerto Madrid-Barajas Adolfo Suárez, que tiene datos digitalizados de insolación desde 1951 y valor fue de 178.6 horas de sol, es el segundo más bajo», explica el autor del trabajo José Ángel Núñez Mora.

Esto sí es una conspiración cósmica "nivel God". 157 horas más de sol en Berlín que lo habitual para dicho periodo.

En efecto, Marzo y Abril han sido mucho menos soleados y más lluviosos de lo habitual, sobre todo en el sur donde era normal poder ir en manga corta al mediodía a primeros de Abril y este año parecía que seguía siendo Febrero. Además, la gente aquí se expone al sol poco realmente porque el sol "pica" bastante y por eso tenemos una correlación inversa con el norte de Europa en déficit de vitamina D (aparte de temas como la dieta).

La gente del Imperial College ha publicado este jueves el código fuente del software que han utlilizado para hacer su modelado de la evolución de la pandemia de la COVID-19 (código en el que se ha basado el gobierno británico para diseñar sus estrategias) y, a las pocas horas, se había creado el issue #165

Así que, como con todo lo que se publica sobre la COVID-19, todavía hay muchas incógnitas y mucho trabajo que hacer antes de poder dar por válidas las predicciones de estos modelos.

Saludos.

Bueno, esto es una constante en ciencia en los útlimos años, hay miles y miles de artículos publicados basados en modelos o conjuntos de datos que no se hacen públicos y que se convierten en parte del "conocimiento consolidado" hasta que alguien saca unos resultados contrarios, y después de muchas réplicas y contraréplicas y mucho analizar resulta que había un bug en el código original (a veces ni siquiera un bug, simplemente alguna aproximación supuestamente inocente). Por esto entre otras cosas la ciencia está sufriendo una "crisis de replicación" (es decir, que muchíiisimos resultados publicados no se pueden replicar de forma independiente y por lo tanto son basura).

Por otro lado, no entiendo muy bien lo que quieren decir en ese issue. Parece que critican simplemente que los tests que se incluyen con el código no son verdaderos tests y no demuestran que el código funcione bien. No sé si eso es razón suficiente para poner el grito en el cielo, porque es de esperar que los autores lo hayan testeado más veces con otros casos y simplemente no hayan incluído toda la batería de tests que tengan (poner todo el código "bonito" para publicarlo es también un trabajo). Todo lo que no sea ponerse a bucear en el código de arriba a abajo para buscar bugs o comprobar que las ecuaciones del modelo están correctamente implementadas es hablar por hablar.

[CHOSEN]

Tú siempre has defendido que los ámbitos de decisión técnica han de ser dejados los técnicos.

Efectivamente.
En uno de los primeros posts critiqué que el plantel técnico parecía tener una desviación inaceptable, sin economistas, sin psicólogos...
Sobreponderación.
Está escrito.

Y efectivamente, dos meses después y un 20% de PIB menos, ahora es el argumento que utiliza la Comunidad de Madrid para lanzarse a la fase 1.

No era un plantel técnico.
O mejor dicho, era un plantel técnico sesgado.
La realidad es aún peor, por ahora esa calificación de "comité técnico" es solo una hipótesis.

En el grupo de expertos de Trump hubo sanitarios... y multinacionales.
Me apuesto lo que sea a que aquí son todos empleados públicos con adscripción política.
No debe sorprendernos que España bata récords.

[CHOSEN]

Por otro lado, no entiendo muy bien lo que quieren decir en ese issue.

No lo dicen en el primer post, hay gente comentándolo mas adelante.
No hay reproducibilidad. Experimentos no reproducibles=aleatorios.
Además parece ser un trabajo interno, digamos que departamental, que no había sido compartido con otros grupos de expertos en modelos matemáticos (el modelo tiene 15 años). Algunos les dan una caña que en realidad no merecen, porque quienes toman las decisiones no son ellos. Simplemente presentaron una herramienta defectuosa. Y se la aceptaron sin preguntar.

EMHO todo apunta a que era un viejo ejercicio que tenían por allí tirado, y que con buena intención lo pusieron a disposición de los gobiernos y los mass-media.
El resto es historia.

[wanderer]

Tú siempre has defendido que los ámbitos de decisión técnica han de ser dejados los técnicos.

Efectivamente.
En uno de los primeros posts critiqué que el plantel técnico parecía tener una desviación inaceptable, sin economistas, sin psicólogos...
Sobreponderación.
Está escrito.

Y efectivamente, dos meses después y un 20% de PIB menos, ahora es el argumento que utiliza la Comunidad de Madrid para lanzarse a la fase 1.

No era un plantel técnico.
O mejor dicho, era un plantel técnico sesgado.
La realidad es aún peor, por ahora esa calificación de "comité técnico" es solo una hipótesis.

En el grupo de expertos de Trump hubo sanitarios... y multinacionales.
Me apuesto lo que sea a que aquí son todos empleados públicos con adscripción política.
No debe sorprendernos que España bata récords.

Bien pudiera ser que el ínclito Illa se negara a dar los nombres de los técnicos simplemente porque o bien no lo son (perfil político como dices) o más simplemente, porque no los hay y punto... 

[Maloserá]

Muy buen post de Knownuthing, que quizá conozcan algunos de ustedes. Parece que emerge un factor de riesgo más que determinante, que es la falta de vitamina D.

https://www.rankia.com/blog/game-over/4605664-covid-letalidad-vitamina-d

Aprovecho para recomendar también ese blog en general.

Danny_M, lo de la vitamina D tiene toda la lógica del mundo. Yo soy gallego pero tengo la piel de color 'mediterráneo' tipo Antonio Banderas o Rafa Nadal (y ahí acaban las similitudes). Hace varios inviernos mi médico de cabecera en Londres me mandó analizar la vitamina D y encontró un nivel ridículamente bajo (dijo que era muy común e inversamente proporcional a la blancura de la piel, o sea que you deberiá vivir en Tenerife...). Al principio me dieron inyecciones de vitamina D, ahora en invierno con spray 'sublingual' me llega. Aunque sea un caso anecdótico y no demuestre nada, en mi caso el efecto ha sido tremendo: como estar rejuvenecido (puede ser placebo) pero es que además en los ultimos 5 inviernos, desde que empecé el tratamiento he debido tener uno o dos resfriados. Antes tenía mínimo dos o tres en cada invierno.

Si me creo que hay una deficiencia generalizada. Supongo que durante cientos de miles de años hemos estado al aire libre currando y ahora pasamos la mayor parte del díá en interiores. Supongo que no será grave porque la esperanza de vida no se resiente. Pero a lo mejor es subóptimo. Y probablemente es grave para africanos e indios viviendo al norte de Europa, o del paralelo 50 p'arriba.

P.S. Edito para aclarar que yo creo que la vitamina D puede ayudar, no que sea la cura, o que su deficiencia sea la causa única o máxima de la epidemia

[Maloserá]

Bien pudiera ser que el ínclito Illa se negara a dar los nombres de los técnicos simplemente porque o bien no lo son (perfil político como dices) o más simplemente, porque no los hay y punto... 

En Inglaterra están con la misma discusión de si dar los nombres de los 'sabios' o no. Algunos ya se saben, como el equivalente británico de Fernando Simón. El problema es que el equivalente británico a Abalos (Dominic Cummings) ha acudido a las reuniones de expertos. Las razones para el secretismo es que creen que habríá más presion social lo que comprometería la independencia,  y científicos serios puede que no quieran seguir en esos grupos. Además en Inglaterra científicos han tenido amenazas por grupos radicales de protección de animales.

[wanderer]

[...] Además en Inglaterra científicos han tenido amenazas por grupos radicales de protección de animales.

No lo pillo... 

[Danny_M]

Por otro lado, no entiendo muy bien lo que quieren decir en ese issue.

No lo dicen en el primer post, hay gente comentándolo mas adelante.
No hay reproducibilidad. Experimentos no reproducibles=aleatorios.
Además parece ser un trabajo interno, digamos que departamental, que no había sido compartido con otros grupos de expertos en modelos matemáticos (el modelo tiene 15 años). Algunos les dan una caña que en realidad no merecen, porque quienes toman las decisiones no son ellos. Simplemente presentaron una herramienta defectuosa. Y se la aceptaron sin preguntar.

EMHO todo apunta a que era un viejo ejercicio que tenían por allí tirado, y que con buena intención lo pusieron a disposición de los gobiernos y los mass-media.
El resto es historia.

Vale, me he leído la mayoría de los comentarios. Creo que aquí la mayoría de los que critican no tienen razón. Hay una respuesta de uno de los developers que es ilustrativa:

The inability to produce the same results when seeding the random number generators with the same values is particularly alarming, and suggests some fundamental issues with the program’s development.

(At risk of sounding repetitive), submit an issue reporting your observations so we can work on what you have observed. The code, as we run and test it, for given seeds, is deterministic when run single-threaded. Post-initialisation, it is deterministic for a given number of threads. There is one section of SetupModel.cpp function, well-discussed in other issues, which can produce statistically equivalent stochastic realisations, but not binary identical ones, using multi-threading. If determinism is required there, commenting out one line can achieve it.

Es que pasa una cosa: la mayoría de los informáticos no conocen la ciencia y la mayoría de los científicos van aprendiendo la informática necesaria sobre la marcha. Entonces, es un poco absurdo criticar que los resultados "no sean reproducibles" cuando resulta que los resultados son no-deterministas por naturaleza: si bien es cierto que *el mismo* cálculo con *los mismos* inputs debería dar *el mismo* output, si sabes la ciencia subyacente entiendes que para sacar conclusiones hace falta un colectivo de cálculos con los que calcular una estadística, y por lo tanto que haya una cierta desviación numérica que cause que el resultado del mismo cálculo sea numéricamente diferente al correr el código con 1 o 2 hilos o en este u otro procesador o habiendo compilado con esta u otra opción te la trae al pairo, porque esa desviación numérica se pierde al tener en cuenta la estadística global.

También hay que entender que *no-se-puede* exigir a unos científicos que desarrollan un código que éste cumpla estándares de ingeniería del software propios de la industria, porque el trabajo de los científicos es hacer ciencia (es decir, centrarse en las aplicaciones) y no que el código quede bonito y usable para el ciento y la madre. Por poner un ejemplo realista: un físico cuántico que aprendió Fortran en una optativa de la carrera escribe un código para hacer un cálculo de las funciones de onda de tal sistema, para lo cual se tiene que empollar unos 150 artículos y 20 libros de matemáticas, física cuántica y similares, y se pone a escribir el código deprisa y corriendo porque hay un deadline para tal artículo, otro para entregar tal proyecto, y encima se te acaba el contrato en 3 meses y tienes que ver si te vas de tercer postdoc a Alemania o a EEUU o si le dan por culo a todo y te pones con las opos a secundaria. Así que las variables se llaman i,j,k,l porque te sale de las narices y no te paras a comentar el código porque no puedes, y no es plan de que venga un ingeniero de software a tocarte las pelotas porque luego resulta que ellos escriben un código muy bonito pero que da errores porque en la matemática subyacente no tiene en cuenta cosas como que no se puede derivar una función donde no es continua y cosas por el estilo (un amigo físico e ingeniero electrónico me decía que cada vez que se cuelga un programa es porque un informático sacó la carrera habiendo aprobado las matemáticas I de chiripa).

Por eso, otros expertos de más que probada valía opinan que el código no está tan mal. Por ejemplo, John Carmack (historia viva de la informática, programador jefe de Wolfenstein 3D, Doom y Quake entre otros):

https://twitter.com/ID_AA_Carmack/status/1254872368763277313

Y obviamente, yo imagino que si les pidieron opinión a esta gente, ellos les pasarían a los políticos o gestores algunos resultados *representativos* del modelo junto con un informe que explicara que eso es una *estimación* y lo importante son las conclusiones cualitativas, o como mucho semi-cuantitativas.

[Maloserá]

[...] Además en Inglaterra científicos han tenido amenazas por grupos radicales de protección de animales.

No lo pillo... 

Amenazas de grupos radicales/activistas. En el pasado porque estaban contra experimentos en animales, o vacunación, o investigación usando embriones. O contra la fluorización del agua. Y si estos grupos piensan que hay un complot para beneficiar las casas farmacéuticas, o cualquier otra teoria conspiratoria, pues entonces las presiones  sobre los asesores serian tremendas - y muchos cientificos con prestigio se negaríán a asesorar al gobierno.

Si nos ponemos 'alternativos' puede ser  verdad que hay grupos de interés dentro del consejo de asesores.

A mi si me gustaría que publicasen la lista de nombres y los posibles conflictos de interés.

[wanderer]

[...] Además en Inglaterra científicos han tenido amenazas por grupos radicales de protección de animales.

No lo pillo... 

Amenazas de grupos radicales/activistas. En el pasado porque estaban contra experimentos en animales, o vacunación, o investigación usando embriones. O contra la fluorización del agua. Y si estos grupos piensan que hay un complot para beneficiar las casas farmacéuticas, o cualquier otra teoria conspiratoria, pues entonces las presiones  sobre los asesores serian tremendas - y muchos cientificos con prestigio se negaríán a asesorar al gobierno.

Si nos ponemos 'alternativos' puede ser  verdad que hay grupos de interés dentro del consejo de asesores.

A mi si me gustaría que publicasen la lista de nombres y los posibles conflictos de interés.

A mí también. Como dije arriba, negarse a hacerlo raya en la prevaricación administrativa.

De todos modos, todo experto debería cubrirse las espaldas con una cláusula pública en cualquier documento de consejo en el que estampe su firma en el sentido de que lo que hace es mera asesoría, pero que la decisión última no le corresponde a él o ella, sino a los políticos de turno.

[Danny_M]

Otro pequeño hilo de Carmack sobre el tema del determinismo:

https://twitter.com/ID_AA_Carmack/status/1258192134752145412

En efecto, es de ser muy, muy miope el ponerse a criticar que un código da resultados no deterministas cuando resulta que el código puede involucrar cientos o miles de variables reales con 20 dígitos significativos. Dependiendo de las ecuaciones subyacentes, una desviación de 1 en el último dígito significativo de una cualquiera de ellas puede provocar cambios enormes en el resultado. Esto lo explicaría muy bien el personaje de Jeff Goldblum en Jurassic Park. Lo más gracioso es que estos comentarios vienen de gente que se pone en plan "Oh, soy ingenerio de software desde hace 30 años y bla bla bla.". Me gustaría a mí ver a uno de ésos que lleva 30 años escribiendo programas de gestión para bancos o aerolíneas si le das una carretilla de libros de física y dinámica de fluídos y le dices que te escriba un programa que simule el flujo del agua en el Amazonas y que te prediga el camino exacto de una mota de polvo que caiga en el agua desde el nacimiento hasta la desembocadura, pero eh, que sea determinista.

[wanderer]

Otro pequeño hilo de Carmack sobre el tema del determinismo:

https://twitter.com/ID_AA_Carmack/status/1258192134752145412

En efecto, es de ser muy, muy miope el ponerse a criticar que un código da resultados no deterministas cuando resulta que el código puede involucrar cientos o miles de variables reales con 20 dígitos significativos. Dependiendo de las ecuaciones subyacentes, una desviación de 1 en el último dígito significativo de una cualquiera de ellas puede provocar cambios enormes en el resultado. Esto lo explicaría muy bien el personaje de Jeff Goldblum en Jurassic Park. Lo más gracioso es que estos comentarios vienen de gente que se pone en plan "Oh, soy ingenerio de software desde hace 30 años y bla bla bla.". Me gustaría a mí ver a uno de ésos que lleva 30 años escribiendo programas de gestión para bancos o aerolíneas si le das una carretilla de libros de física y dinámica de fluídos y le dices que te escriba un programa que simule el flujo del agua en el Amazonas y que te prediga el camino exacto de una mota de polvo que caiga en el agua desde el nacimiento hasta la desembocadura, pero eh, que sea determinista.

Casi cualquier modelo matemático incurre de una o varias maneras en alguna forma de vacaesferismo (éso es inherente a la modelización). Pero además, una forma de hacerlos más realistas es tener presente que aunque las ecuaciones sean formalmente deterministas, casi siempre es mejor incorporar términos estocásticos y pasar de una ODE a una SDE (para éstas últimas la pregunta apropiada más que calcular trayectorias es determinar con qué probabilidad pasa ésto o aquello, y en particular, referido a las trayectorias que el sistema realmente siga).

[JENOFONTE10]

[…] si se termina demostrando lo que parece ser:
-Ni supercontagioso, llevaba por aqui desde 2019, quizá octubre o antes.
[…]

Algunos atletas españoles enfermaron en los juegos militares de Wuhan en octubre
Padecieron síntomas compatibles con el coronavirus, al igual que sucedió entre las delegaciones de otros países
[…]
https://www.vozpopuli.com/espana/Atletas-espanoles-enfermaron-militares-Wuhan-coronavirus-octubre_0_1353165060.html

Saludos.

[CHOSEN]

No es que el cambio del enésimo decimal modifique el resultado.
Es que es de un orden de magnitud distinto.

Esto es equivalente a decir que el resultado es inventado. De hecho si tenemos que decir la verdad, tomando como referencia la gripe estacional hubiésemos estado mucho más cerca del resultado final. Pero el problema no es el software, que es el que había y no había otro, sino que en base al mismo se han tomado decisiones afectando a millones de personas, y que podían haber costado muchas más vidas. Eso suponiendo que no las hayan costado ya.